Основателями Фонда Мартина Нимёллера, который был создан 15 января 1977 года, стали социолог Ойген Когон и теолог Хайнц Клоппенбург. Мартин Нимёллер с радостью дал согласие на то, чтобы ассоциация, которая видит своей задачей содействие взаимопониманию, разрядке и миру, была названа его именем. Выдающимися событиями в истории ассоциации в первые годы ее существования стали мирные переговоры в Москве в 1982 г., коллоквиум "Один мир или ничего" в 1986 г. и крупный конгресс мира в 1988 г. В 1991 г. офис переехал из Кельна в Висбаден.

Сегодня Фонд Мартина Нимёллера сосредоточен на организации мероприятий и конференций в Висбадене и регионе Рейн-Майн. Фонд регулярно сотрудничает, например, с серией мероприятий "27 января - память и поминовение", а также с протестантским приходом Бергкирхе, где в настоящее время располагается фонд. Среди других партнеров по сотрудничеству - активный музей немецко-еврейской истории "Шпигельгассе", Общество христианско-еврейского сотрудничества и протестантский деканат в Висбадене.

В рамках проекта "Перемога" Фонд Мартина Нимёллера оказывает поддержку одной из многочисленных деревень Украины, сожженных немецкими солдатами во время Второй мировой войны. Фонд Мартина Нимёллера присуждает премию Юлиуса Румпфа отдельным людям или группам, выступающим за толерантность и ненасилие. Премия была пожертвована д-ром Гюнтером и Ингрид Румпф и призвана увековечить память пастора рыночной церкви Юлиуса Румпфа. Одной из главных задач ассоциации также является сохранение памяти о личности и деятельности Мартина Нимёллера. По этой причине ассоциация уже много лет сотрудничает со школой Мартина Нимёллера в Висбадене.

Председателями Фонда Мартина Нимёллера были Хайнц Клоппенбург (1980-86), Ойген Когон (1986-90), Вальтер Йенс (1990-95), Мартин Штёр (1995-2010) и Михаэль Карг (с 2010).