Los miembros fundadores de la Fundación Martin Niemöller, creada el 15 de enero de 1977, fueron el sociólogo Eugen Kogon y el teólogo Heinz Kloppenburg. Martin Ni emöller aceptó de buen grado que la asociación, cuya misión es promover el entendimiento, la distensión y la paz, llevara su nombre. Los acontecimientos más destacados de la historia de la asociación en los primeros años fueron las conversaciones de paz en Moscú en 1982, el coloquio "Un mundo o ninguno" en 1986 y el gran congreso por la paz en 1988. En 1991, la oficina se trasladó de Colonia a Wiesbaden.

En la actualidad, la Fundación Martin Niemöller se concentra en la organización de actos y conferencias en la zona de Wiesbaden y la región del Rin-Meno. Existe una cooperación regular, por ejemplo, en la serie de actos "27 de enero - Recordar y conmemorar" y con la parroquia protestante Bergkirche, donde la fundación tiene su sede actualmente. Otros socios de cooperación son el Museo Activo Spiegelgasse para la Historia Judeo-Alemana, la Sociedad para la Cooperación Judeo-Cristiana y el Decanato Protestante de Wiesbaden.

Con el proyecto "Peremoha", la Fundación Martin Niemöller apoya a uno de los muchos pueblos de Ucrania incendiados por soldados alemanes durante la Segunda Guerra Mundial. La Fundación Martin Niemöller concede el Premio Julius Rumpf a personas o grupos comprometidos con la tolerancia y la no violencia. El premio fue donado por el Dr. Günther e Ingrid Rumpf y está destinado a conmemorar al pastor de la iglesia del mercado Julius Rumpf. También es una preocupación central de la asociación evocar el recuerdo de la personalidad y la obra de Martin Niemöller. Por este motivo, la asociación colabora desde hace muchos años con la Escuela Martin Niemöller de Wiesbaden.

Los presidentes de la Fundación Martin Niemöller fueron Heinz Kloppenburg (1980-86), Eugen Kogon (1986-90), Walter Jens (1990-95), Martin Stöhr (1995-2010) y Michael Karg (desde 2010).