En 122 après J.-C., le futur Wiesbaden est mentionné pour la première fois sous son nom romain d'"Aquae Mattiacorum", les "eaux des Mattiaciens". À la fin du 4e siècle, la colonie s'appelle "Mattiacae Aquae". Le nom actuel est mentionné pour la première fois par l'érudit et historien Einhard dans son récit de 830. Dans son texte latin, il parle de Wiesbaden, qu'il a visité en 828 et 829, comme du "lieu appelé Wisibada à une époque plus récente". Dans une copie du texte à peu près à la même époque, le nom est "Wisabada". D'autres formes de noms sont "Wisibadun" (attesté en 965), "Wisebadon" (attesté en 1022, 1043) et "Wisibad" (attesté en 1123).

Depuis les 13e et 14e siècles, le nom actuel s'est peu à peu imposé. Après de nombreuses tentatives d'interprétation, une explication s'inspirant très étroitement de la forme latine du nom est considérée comme plausible depuis les recherches du germaniste Adolf Bach. Bach, et Otto Renkhoff à sa suite, partent du principe qu'un ancien terme germanique a survécu dans le mot latin : ainsi, "Mattiaker" serait dérivé de "matha", "terre de fauche", "terre qui peut être récoltée". Le toponyme germanique - inconnu - aurait continué à exister à côté du toponyme latin et l'aurait supplanté après le départ des Romains.

A l'époque franque, "matha" aurait ensuite été supplanté par l'ancien haut-allemand "wisa", "prairie", ou la forme collective "wisi", "Wiesenland", qui avait en fait la même signification. Des interprétations antérieures ont interprété "wisa" comme un terme indo-européen signifiant "eau piquante" ou "bain de sel", ou ont cru reconnaître dans le toponyme un ancien haut-allemand "wisu", bon, c'est-à-dire "bénéfique".