Werner Egk est né le 17 mai 1901 à Auchsesheim, un quartier actuel de Donauwörth, sous le nom de Werner Joseph Mayer. Le pseudonyme Egk est une anagramme des initiales de sa femme, épousée en 1923, et fut utilisé par le compositeur comme nom de famille officiel à partir de 1937.

Après avoir appris le chant et le piano parallèlement à sa scolarité, il étudie la composition et la direction d'orchestre à Francfort-sur-le-Main puis auprès de Carl Orff à Munich.

Pendant la période du national-socialisme, Egk est devenu l'un des principaux compositeurs de l'État et, après la Seconde Guerre mondiale, il a travaillé de 1950 à 1953 comme directeur de la "Hochschule für Musik" à Berlin-Ouest. Jusque dans les années 1970, il a été actif dans différentes associations nationales et internationales de chefs d'orchestre.

Son œuvre musicale est attribuée au néoclassicisme allemand et au théâtre musical moderne. Il a écrit plusieurs opéras, ballets et œuvres orchestrales, mais aussi de la musique vocale, des pièces de chant et la musique du film de Heinz Rühmann "Der Herr vom anderen Stern", sorti en 1948.

À l'occasion de son 80e anniversaire, un concert a été donné en l'honneur d'Egk à Wiesbaden. Lors de cette visite, le compositeur a été reçu par le magistrat à l'hôtel de ville et a signé le livre d'or de la ville.

Werner Egk est décédé le 10 juillet 1983 à Inning am Ammersee.