Вернер Егк е роден като Вернер Йозеф Майер на 17 май 1901 г. в Аухсесхайм, днес окръг Донаувьорт. Псевдонимът Егк е анаграма на инициалите на съпругата му, за която се жени през 1923 г., и е използван от композитора като официално фамилно име от 1937 г.

След обучение по пеене и пиано още в училище, той учи композиция и дирижиране във Франкфурт на Майн, а по-късно при Карл Орф в Мюнхен.

По време на националсоциалистическата епоха Егк се издига до един от най-значимите държавни композитори, а след Втората световна война работи като директор на "Hochschule für Musik" в Западен Берлин от 1950 до 1953 г. До 70-те години на ХХ век той работи активно в различни национални и международни диригентски организации.

Музикалното му творчество се причислява към немския неокласицизъм и модерния музикален театър. Композира няколко опери, балети и оркестрови произведения, както и вокална музика, музикални комедии и филмова музика за филма на Хайнц Рюман "Der Herr vom anderen Stern" от 1948 г.

По случай 80-годишния му юбилей във Висбаден е организиран концерт в негова чест. По време на това посещение композиторът е приет от градския съвет в кметството и се подписва в Златната книга на града.

Вернер Егк умира на 10 юли 1983 г. в Ининг ам Аммерзее.