Werner Egk s-a născut Werner Joseph Mayer la 17 mai 1901 în Auchsesheim, în prezent un district al Donauwörth. Pseudonimul Egk este o anagramă a inițialelor soției sale, cu care s-a căsătorit în 1923, și a fost folosit de compozitor ca nume de familie oficial începând din 1937.

După o formare în canto și pian în timpul școlii, a studiat compoziția și dirijatul la Frankfurt am Main și, mai târziu, cu Carl Orff la München.

În perioada național-socialistă, Egk a devenit unul dintre cei mai importanți compozitori ai statului și, după cel de-al Doilea Război Mondial, a lucrat ca director al "Hochschule für Musik" din Berlinul de Vest din 1950 până în 1953. A fost activ în diverse organizații naționale și internaționale de dirijat până în anii 1970.

Opera sa muzicală este atribuită neoclasicismului german și teatrului muzical modern. A compus mai multe opere, baleturi și lucrări orchestrale, precum și muzică vocală, comedii muzicale și muzica de film pentru filmul lui Heinz Rühmann din 1948 "Der Herr vom anderen Stern".

Cu ocazia împlinirii vârstei de 80 de ani, la Wiesbaden a fost organizat un concert în onoarea lui Egk. În timpul acestei vizite, compozitorul a fost primit de consiliul municipal în primărie și a semnat în Cartea de Aur a orașului.

Werner Egk a murit pe 10 iulie 1983 la Inning am Ammersee.