Ο Werner Egk γεννήθηκε Werner Joseph Mayer στις 17 Μαΐου 1901 στο Auchsesheim, σημερινή περιοχή του Donauwörth. Το ψευδώνυμο Egk είναι αναγραμματισμός των αρχικών της συζύγου του, την οποία παντρεύτηκε το 1923, και χρησιμοποιήθηκε από τον συνθέτη ως το επίσημο επώνυμό του από το 1937.

Αφού εκπαιδεύτηκε στο τραγούδι και το πιάνο, ενώ ήταν ακόμη μαθητής, σπούδασε σύνθεση και διεύθυνση ορχήστρας στη Φρανκφούρτη και αργότερα με τον Carl Orff στο Μόναχο.

Κατά τη διάρκεια της εθνικοσοσιαλιστικής περιόδου, ο Egk αναδείχθηκε σε έναν από τους σημαντικότερους συνθέτες του κράτους και, μετά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, εργάστηκε ως διευθυντής της "Hochschule für Musik" στο Δυτικό Βερολίνο από το 1950 έως το 1953. Ήταν ενεργός σε διάφορους εθνικούς και διεθνείς οργανισμούς διεύθυνσης μέχρι τη δεκαετία του 1970.

Το μουσικό του έργο αποδίδεται στον γερμανικό νεοκλασικισμό και στο σύγχρονο μουσικό θέατρο. Συνέθεσε αρκετές όπερες, μπαλέτα και ορχηστρικά έργα, καθώς και φωνητική μουσική, μουσικές κωμωδίες και την κινηματογραφική μουσική για την ταινία του Heinz Rühmann "Der Herr vom anderen Stern" του 1948.

Με την ευκαιρία των 80ων γενεθλίων του, πραγματοποιήθηκε στο Βισμπάντεν συναυλία προς τιμήν του Egk. Κατά τη διάρκεια αυτής της επίσκεψης, ο συνθέτης έγινε δεκτός από το δημοτικό συμβούλιο στο δημαρχείο και υπέγραψε τη Χρυσή Βίβλο της πόλης.

Ο Werner Egk πέθανε στις 10 Ιουλίου 1983 στο Inning am Ammersee.