Вернер Эгк родился Вернер Йозеф Майер 17 мая 1901 года в Ауксесхайме, ныне район Донауверт. Псевдоним Эгк является анаграммой инициалов его жены, на которой он женился в 1923 году, и использовался композитором в качестве официальной фамилии с 1937 года.

После обучения пению и игре на фортепиано еще в школе, он изучал композицию и дирижирование во Франкфурте-на-Майне, а затем у Карла Орфа в Мюнхене.

В эпоху национал-социализма Эгк стал одним из самых значительных композиторов государства, а после Второй мировой войны работал директором Высшей школы музыки в Западном Берлине с 1950 по 1953 год. До 1970-х годов он активно работал в различных национальных и международных дирижерских организациях.

Его музыкальное творчество относят к немецкому неоклассицизму и современному музыкальному театру. Он написал несколько опер, балетов и оркестровых произведений, а также вокальную музыку, музыкальные комедии и музыку к фильму Хайнца Рюмана "Герр из другого мира" 1948 года.

По случаю 80-летия композитора в Висбадене состоялся концерт в честь Эгка. Во время этого визита композитор был принят городским советом в ратуше и расписался в Золотой книге города.

Вернер Эгк умер 10 июля 1983 года в Иннинге-на-Аммерзее.