Werner Egk nacque Werner Joseph Mayer il 17 maggio 1901 ad Auchsesheim, oggi quartiere di Donauwörth. Lo pseudonimo Egk è un anagramma delle iniziali della moglie, che sposò nel 1923, e fu utilizzato dal compositore come cognome ufficiale dal 1937.

Dopo aver studiato canto e pianoforte durante la scuola, studiò composizione e direzione d'orchestra a Francoforte sul Meno e successivamente con Carl Orff a Monaco.

Durante l'era nazionalsocialista, Egk divenne uno dei compositori più importanti dello Stato e, dopo la Seconda Guerra Mondiale, lavorò come direttore della "Hochschule für Musik" di Berlino Ovest dal 1950 al 1953. Fino agli anni '70 è stato attivo in varie organizzazioni nazionali e internazionali di direzione d'orchestra.

La sua opera musicale è attribuita al neoclassicismo tedesco e al teatro musicale moderno. Ha composto diverse opere, balletti e opere orchestrali, oltre a musica vocale, commedie musicali e la musica per il film di Heinz Rühmann del 1948 "Der Herr vom anderen Stern".

In occasione del suo 80° compleanno, si è tenuto a Wiesbaden un concerto in onore di Egk. Durante questa visita, il compositore è stato ricevuto dal consiglio comunale nel municipio e ha firmato il Libro d'Oro della città.

Werner Egk morì il 10 luglio 1983 a Inning am Ammersee.