Werner Egk urodził się jako Werner Joseph Mayer 17 maja 1901 roku w Auchsesheim, obecnie dzielnicy Donauwörth. Pseudonim Egk jest anagramem inicjałów jego żony, którą poślubił w 1923 roku, i był używany przez kompozytora jako jego oficjalne nazwisko od 1937 roku.

Po ukończeniu nauki śpiewu i gry na fortepianie jeszcze w szkole, studiował kompozycję i dyrygenturę we Frankfurcie nad Menem, a później u Carla Orffa w Monachium.

W czasach narodowego socjalizmu Egk stał się jednym z najważniejszych kompozytorów w państwie, a po II wojnie światowej pracował jako dyrektor "Hochschule für Musik" w Berlinie Zachodnim w latach 1950-1953. Do lat 70. był aktywny w różnych krajowych i międzynarodowych organizacjach dyrygenckich.

Jego twórczość muzyczna przypisywana jest niemieckiemu neoklasycyzmowi i nowoczesnemu teatrowi muzycznemu. Skomponował kilka oper, baletów i utworów orkiestrowych, a także muzykę wokalną, komedie muzyczne i muzykę filmową do filmu Heinza Rühmanna "Der Herr vom anderen Stern" z 1948 roku.

Z okazji jego 80. urodzin w Wiesbaden odbył się koncert na cześć Egka. Podczas tej wizyty kompozytor został przyjęty przez radę miejską w ratuszu i podpisał Złotą Księgę miasta.

Werner Egk zmarł 10 lipca 1983 roku w Inning am Ammersee.