Вернер Еґк народився під ім'ям Вернер Йозеф Майєр 17 травня 1901 року в Аусзесгаймі, нині округ Донауверт. Псевдонім Еґк - анаграма ініціалів дружини, з якою він одружився у 1923 році, і використовувався композитором як офіційне прізвище з 1937 року.

Після навчання співу та грі на фортепіано ще в школі, він вивчав композицію та диригування у Франкфурті-на-Майні, а згодом у Карла Орфа в Мюнхені.

За часів націонал-соціалізму Еґк став одним з найважливіших композиторів держави, а після Другої світової війни з 1950 по 1953 рік працював директором Вищої школи музики у Західному Берліні. До 1970-х років працював у різних національних та міжнародних диригентських організаціях.

Його музична творчість пов'язана з німецьким неокласицизмом і сучасним музичним театром. Він написав кілька опер, балетів та оркестрових творів, а також вокальну музику, музичні комедії та музику до фільму Гайнца Рюмана "Пан з андерсену" 1948 року.

З нагоди його 80-річчя у Вісбадені відбувся концерт на честь Еґка. Під час цього візиту композитор був прийнятий міською радою в ратуші та розписався в Золотій книзі міста.

Вернер Егк помер 10 липня 1983 року в Іннінґ-ам-Аммерзее.