Werner Egk nació como Werner Joseph Mayer el 17 de mayo de 1901 en Auchsesheim, actual distrito de Donauwörth. El seudónimo Egk es un anagrama de las iniciales de su esposa, con la que se casó en 1923, y fue utilizado por el compositor como apellido oficial a partir de 1937.

Tras formarse en canto y piano en la escuela, estudió composición y dirección de orquesta en Fráncfort del Meno y más tarde con Carl Orff en Múnich.

Durante la época nacionalsocialista, Egk se convirtió en uno de los compositores más importantes del Estado y, tras la Segunda Guerra Mundial, trabajó como director de la "Hochschule für Musik" de Berlín Occidental de 1950 a 1953. Participó activamente en diversas organizaciones de dirección nacionales e internacionales hasta la década de 1970.

Su obra musical se atribuye al neoclasicismo alemán y al teatro musical moderno. Compuso varias óperas, ballets y obras orquestales, así como música vocal, comedias musicales y la música de cine para la película de Heinz Rühmann "Der Herr vom anderen Stern" de 1948.

Con motivo de su 80 cumpleaños, se celebró un concierto en Wiesbaden en honor de Egk. Durante esta visita, el compositor fue recibido por el ayuntamiento en el consistorio y firmó en el Libro de Oro de la ciudad.

Werner Egk falleció el 10 de julio de 1983 en Inning am Ammersee.