Wiesbaden a été appelée "Aquae Mattiacorum" par les Romains - d'après les Mattiaciens, une tribu de l'ethnie germanique des Chattes, dont les membres se sont probablement mélangés très tôt avec la population celte d'origine. Des traces d'habitat sont attestées dans la zone urbaine dès le néolithique, vers 3000 avant notre ère. Un premier poste militaire (fort en terre) sur le Heidenberg date de la fin de l'époque augustéenne, vers six à quinze ans après notre ère ; peu après, l'aménagement des thermes marqua le début d'une colonie romaine civile. Celle-ci fut fortifiée vers 370 par un mur - des vestiges de ce mur dit de Heiden sont encore conservés aujourd'hui.

À la fin du quatrième siècle, les Alamans ont pris en charge la protection de Wiesbaden en tant que tête de pont de Mayence, et environ un siècle plus tard, les Francs ont commencé à s'y installer. Déjà à l'époque mérovingienne, le lieu, désigné pour la première fois en 828/30 sous le nom de "Wisabada", était le siège d'une cour royale. Depuis la fin du Moyen Âge, Wiesbaden appartenait aux comtes de Nassau. Au 13ème siècle, elle fut temporairement une ville impériale jusqu'à sa destruction par l'archevêque de Mayence en 1242. En 1547 et 1561, des incendies détruisirent la quasi-totalité des bâtiments médiévaux. La guerre de Trente Ans a également eu des effets dévastateurs. Mais à partir de 1690, la ville, qui ne comptait alors qu'environ 730 habitants, fut agrandie et refortifiée. En 1744, le prince Karl von Nassau-Usingen transféra sa résidence dans le château de Biebrich ; Wiesbaden devint le siège du gouvernement de la principauté, puis du duché de Nassau (de 1806 à 1866).

Au 19e siècle, la ville est devenue une station thermale internationale. L'annexion de Nassau par la Prusse en 1866 n'a pas empêché l'essor de Wiesbaden. Wiesbaden devint la capitale d'un district administratif et le lieu de retraite préféré des officiers, des hauts fonctionnaires et des rentiers qui vivaient de leurs pensions ou des intérêts de leur fortune. Le paysage urbain se caractérise par des immeubles d'habitation représentatifs, des hôtels-palais et des villas raffinées. La population totale augmenta rapidement et dépassa les 100.000 habitants en 1905.

La Première Guerre mondiale, les occupations française et anglaise qui suivirent jusqu'en 1930 ainsi que la crise économique mondiale affaiblirent considérablement la capacité financière de la ville ; même l'incorporation de faubourgs en 1926 et 1928 n'y changea pas grand-chose. Wiesbaden avait perdu son importance d'antan en tant que "ville thermale mondiale".

Depuis 1933, de nombreux services du régime d'injustice nazi se trouvaient à Wiesbaden. Des déportations de Juifs et de Sinti ont également eu lieu à partir de cette ville. De nombreux habitants de Wiesbaden de différentes couleurs politiques ont été persécutés parce qu'ils s'opposaient au régime.

Peu détruite pendant la Seconde Guerre mondiale, Wiesbaden est devenue en 1945 la capitale du Land de Hesse, où se sont installées, outre les autorités, de nombreuses maisons d'édition, des compagnies d'assurance et des entreprises de l'industrie cinématographique. En outre, Wiesbaden joue un rôle important en tant que ville de cure et de congrès ainsi que comme l'un des lieux de résidence préférés de la région Rhin-Main.