Висбаден е наречен от римляните "Aquae Mattiacorum" - по името на матиаците, германско племе чати, което е живяло тук и чиито членове вероятно рано са се смесили с първоначалното келтско население. Следи от заселване в района на града са документирани още през неолита, около 3000 г. пр. Първият военен пост (земен форт) на Хайденберг може да бъде датиран към късния августовски период около 6-15 г. от н. е.; развитието на гражданско римско селище започва малко по-късно с разширяването на термалните бани. То е укрепено със стена около 370 г. - останките от този така наречен Хайденмауер могат да се видят и днес.

В края на IV в. алеманите поемат защитата на Висбаден като плацдарм за Майнц, а около век по-късно франките започват да колонизират района. Градът е бил седалище на кралски двор още по времето на Меровингите и за първи път е споменат като "Визабада" през 828/30 г. От късното Средновековие Висбаден принадлежи на графовете на Насау. През XIII в. той временно е имперски град до разрушаването му от архиепископа на Майнц през 1242 г. През 1547 г. и 1561 г. пожари унищожават почти всички средновековни сгради. Тридесетгодишната война също има опустошителни последици. Въпреки това от 1690 г. нататък градът, който по това време има само около 730 жители, е разширен и наново укрепен. През 1744 г. принц Карл фон Насау-Узинген премества резиденцията си в двореца Бибрих; Висбаден става седалище на правителството на княжеството, по-късно херцогство Насау (1806-1866 г.).

През XIX в. градът се превръща в международен курортен град. Анексирането на Насау от Прусия през 1866 г. не спира възхода на Висбаден. Висбаден се превръща в столица на правителствен окръг и в любимо място за пенсиониране на офицери, висши държавни служители и пенсионери, които живеят от пенсиите си или от лихвите по активите си. Градският пейзаж се характеризира с престижни жилищни сгради, хотелски дворци и елегантни вили. Населението се разраства бързо и през 1905 г. надхвърля 100 000 жители.

Първата световна война, последвалата френска и британска окупация до 1930 г. и Голямата депресия значително отслабват финансовата мощ на града; дори присъединяването на предградия през 1926 и 1928 г. не променя това. Висбаден губи предишното си значение на "световен курортен град".

От 1933 г. във Висбаден се намират многобройни служби на нацисткия режим на несправедливост. Оттук са депортирани и евреи и синти. Много жители на Висбаден с различни политически убеждения са били преследвани заради противопоставянето си на режима.

След като по време на Втората световна война Висбаден претърпява сравнително малки щети, през 1945 г. той става столица на провинция Хесен, където наред с държавните учреждения се настаняват и многобройни издателства, застрахователни компании, предприятия от филмовата индустрия и др. Висбаден играе важна роля и като курортен и конгресен град, както и като едно от любимите места за живеене в региона Рейн-Майн.