Римляне называли Висбаден "Aquae Mattiacorum" - по имени Маттиаков, германского племени чатти, которое жило здесь и члены которого, предположительно, рано смешались с первоначальным кельтским населением. Следы поселений в районе города были зафиксированы еще в эпоху неолита, около 3000 года до нашей эры. Первый военный пост (земляной форт) на Хайденберге можно отнести к позднеавгустовскому периоду, примерно с 6 по 15 год нашей эры; развитие гражданского римского поселения началось немного позже, с расширением термальных ванн. Оно было укреплено стеной около 370 года - остатки этого так называемого Хайденмауэра можно увидеть и сегодня.

В конце IV века алеманны взяли на себя защиту Висбадена как плацдарма для Майнца, а примерно через столетие франки начали колонизировать эту территорию. Уже во времена Меровингов город был резиденцией королевского двора и впервые упоминается как "Висабада" в 828/30 году. С позднего Средневековья Висбаден принадлежал графам Нассау. В XIII веке он временно был имперским городом до его разрушения архиепископом Майнца в 1242 году. В 1547 и 1561 годах пожары уничтожили почти все средневековые здания. Тридцатилетняя война также имела разрушительные последствия. Однако с 1690 года город, в котором в то время проживало всего 730 человек, был расширен и заново укреплен. В 1744 году князь Карл фон Нассау-Усинген перенес свою резиденцию во дворец Бибрих; Висбаден стал резиденцией правительства княжества, позднее герцогства Нассау (1806-1866).

В XIX веке город превратился в международный курортный город. Аннексия Нассау Пруссией в 1866 году не смогла остановить подъем Висбадена. Висбаден стал столицей правительственного округа и излюбленным местом отдыха офицеров, высокопоставленных государственных служащих и пенсионеров, которые жили на свои пенсии или проценты с их имущества. Городской пейзаж характеризовался престижными жилыми домами, дворцами-отелями и элегантными виллами. Население быстро росло и в 1905 году превысило 100 000 человек.

Первая мировая война, последующая французская и британская оккупация до 1930 года и Великая депрессия значительно ослабили финансовую мощь города; даже присоединение пригородов в 1926 и 1928 годах мало что изменило. Висбаден утратил свое былое значение "мирового курорта".

Начиная с 1933 года в Висбадене располагались многочисленные офисы нацистского режима несправедливости. Отсюда также депортировали евреев и синти. Многие жители Висбадена разных политических убеждений подвергались преследованиям за противодействие режиму.

Сравнительно мало пострадав во время Второй мировой войны, Висбаден в 1945 году стал столицей земли Гессен, где наряду с правительственными учреждениями обосновались многочисленные издательства, страховые компании и предприятия киноиндустрии. Висбаден также играет заметную роль как курортный и конгрессный город и как одно из любимых мест для жизни в регионе Рейн-Майн.