Римляни називали Вісбаден "Aquae Mattiacorum" - на честь маттіаків, племені германців-чаттів, які жили тут і, ймовірно, рано змішалися з первісним кельтським населенням. Сліди поселення на території міста були задокументовані ще в період неоліту, близько 3000 року до нашої ери. Перший військовий пост (земляний форт) на Гайденберзі можна датувати пізньоавгустійським періодом, приблизно з 6 по 15 рік нашої ери; розвиток цивільного римського поселення розпочався трохи пізніше з розширенням термальних купалень. Близько 370 року воно було укріплене муром - залишки цього так званого Гайденмауера можна побачити і сьогодні.

Наприкінці четвертого століття Алемани взяли під захист Вісбаден як плацдарм для Майнца, а приблизно через століття франки почали колонізувати цю територію. Місто вже було резиденцією королівського двору за часів Меровінгів і вперше згадується як "Візабада" у 828/30 роках. З пізнього середньовіччя Вісбаден належав графам Нассау. У 13 столітті він тимчасово був імперським містом, поки не був зруйнований архієпископом Майнца у 1242 році. У 1547 та 1561 роках пожежі знищили майже всі середньовічні будівлі. Тридцятилітня війна також мала руйнівні наслідки. Однак, починаючи з 1690 року, місто, яке на той час налічувало лише близько 730 мешканців, було розширено та укріплено новими мурами. У 1744 році князь Карл фон Нассау-Усінген переніс свою резиденцію до палацу Бібріх; Вісбаден став резиденцією уряду князівства, пізніше герцогства Нассау (1806-1866).

У 19 столітті місто перетворилося на міжнародний оздоровчий курорт. Анексія Нассау Пруссією у 1866 році не зупинила піднесення Вісбадена. Вісбаден став столицею урядового округу і улюбленим місцем відпочинку для офіцерів, вищих державних службовців та пенсіонерів, які жили на пенсію або відсотки від своїх активів. Міський пейзаж характеризувався престижними житловими будинками, готельними палацами та елегантними віллами. Населення швидко зростало і в 1905 році перевищило 100 000 мешканців.

Перша світова війна, подальша французька та британська окупація до 1930 року та Велика депресія значно послабили фінансову спроможність міста; навіть приєднання передмість у 1926 та 1928 роках мало що змінило. Вісбаден втратив своє колишнє значення "світового курортного міста".

Починаючи з 1933 року у Вісбадені розташовувалися численні офіси нацистського режиму несправедливості. Звідси також депортували євреїв та сінті. Багато мешканців Вісбадена різних політичних поглядів зазнали переслідувань за опозицію до режиму.

Після порівняно невеликих руйнувань під час Другої світової війни Вісбаден став столицею землі Гессен у 1945 році, де поряд з урядовими установами розташувалися численні видавництва, страхові компанії та підприємства кіноіндустрії. Вісбаден також відіграє важливу роль як курортне та конгрес-місто, а також як одне з найулюбленіших місць для життя в регіоні Рейн-Майн.