Wiesbaden zostało nazwane przez Rzymian "Aquae Mattiacorum" - od Mattiaków, plemienia germańskich Chatti, którzy mieszkali tutaj i których członkowie prawdopodobnie wcześnie wymieszali się z pierwotną populacją celtycką. Ślady osadnictwa na obszarze miasta zostały udokumentowane już w okresie neolitu około 3000 lat p.n.e.. Pierwszy posterunek wojskowy (fort ziemny) na Heidenbergu można datować na późny okres augustiański około 6-15 r. n.e.; rozwój cywilnej osady rzymskiej rozpoczął się nieco później wraz z rozbudową term. Został on ufortyfikowany murem około 370 roku - pozostałości tego tak zwanego Heidenmauer można zobaczyć do dziś.

Pod koniec IV wieku Alemanowie przejęli ochronę Wiesbaden jako przyczółka dla Moguncji, a około sto lat później Frankowie zaczęli kolonizować ten obszar. Miasto było już siedzibą dworu królewskiego w czasach Merowingów i po raz pierwszy zostało nazwane "Wisabada" w 828/30 roku. Od późnego średniowiecza Wiesbaden należało do hrabiów Nassau. W XIII wieku było tymczasowo miastem cesarskim, aż do jego zniszczenia przez arcybiskupa Moguncji w 1242 roku. W latach 1547 i 1561 pożary zniszczyły prawie wszystkie średniowieczne budynki. Wojna trzydziestoletnia również miała niszczycielskie skutki. Jednak od 1690 r. miasto, które w tym czasie liczyło tylko około 730 mieszkańców, zostało rozbudowane i nowo ufortyfikowane. W 1744 r. książę Karl von Nassau-Usingen przeniósł swoją rezydencję do pałacu Biebrich; Wiesbaden stało się siedzibą rządu księstwa, później księstwa Nassau (1806-1866).

W XIX wieku miasto rozwinęło się w międzynarodowe uzdrowisko. Aneksja Nassau przez Prusy w 1866 roku nie powstrzymała rozwoju Wiesbaden. Wiesbaden stało się stolicą okręgu rządowego i ulubionym domem spokojnej starości dla oficerów, wyższych urzędników państwowych i emerytów, którzy żyli z emerytur lub odsetek od swoich aktywów. Krajobraz miasta charakteryzował się prestiżowymi budynkami mieszkalnymi, pałacami hotelowymi i eleganckimi willami. Populacja szybko rosła i w 1905 r. przekroczyła 100 000 mieszkańców.

Pierwsza wojna światowa, późniejsza okupacja francuska i brytyjska do 1930 r. oraz Wielki Kryzys znacznie osłabiły siłę finansową miasta; nawet przyłączenie przedmieść w 1926 i 1928 r. niewiele zmieniło. Wiesbaden straciło swoje dawne znaczenie jako "światowe uzdrowisko".

Od 1933 r. w Wiesbaden znajdowały się liczne urzędy nazistowskiego reżimu niesprawiedliwości. Deportowano stąd również Żydów i Sinti. Wielu mieszkańców Wiesbaden o różnych poglądach politycznych było prześladowanych za sprzeciwianie się reżimowi.

Po stosunkowo niewielkich zniszczeniach podczas II wojny światowej, Wiesbaden stało się stolicą kraju związkowego Hesja w 1945 roku, gdzie obok urzędów państwowych osiedliły się liczne wydawnictwa, firmy ubezpieczeniowe i przedsiębiorstwa przemysłu filmowego. Wiesbaden odgrywa również ważną rolę jako miasto uzdrowiskowe i kongresowe oraz jako jedno z ulubionych miejsc do życia w regionie Ren-Men.