أطلق الرومان على مدينة فيسبادن اسم "أكوا ماتياكوروم" - نسبة إلى قبيلة ماتياكس، وهي قبيلة من الجرمانيين الجرمانيين الذين عاشوا هنا ويُفترض أن أفرادها اختلطوا بالسكان السلتيين الأصليين في وقت مبكر. تم توثيق آثار الاستيطان في منطقة المدينة منذ العصر الحجري الحديث حوالي عام 3000 قبل الميلاد. يمكن تأريخ أول موقع عسكري (حصن ترابي) على نهر هايدنبرغ إلى أواخر الفترة الأوغسطية حوالي ستة إلى 15 بعد الميلاد؛ وبدأ تطوير مستوطنة رومانية مدنية بعد ذلك بقليل مع توسيع الحمامات الحرارية. وقد تم تحصينها بسور حوالي عام 370 - ولا يزال من الممكن رؤية بقايا ما يسمى هايدنماور حتى اليوم.

في نهاية القرن الرابع، تولى الأليمانيون حماية فيسبادن كرأس جسر لماينز، وبعد حوالي قرن من الزمان بدأ الفرنجة في استعمار المنطقة. كانت المدينة بالفعل مقراً لبلاط ملكي في العصر الميروفنجي وأُشير إليها لأول مرة باسم "فيسبادا" في عام 828/30. ومنذ أواخر العصور الوسطى، كانت فيسبادن تابعة لكونتات ناسو. وفي القرن الثالث عشر، كانت مدينة إمبراطورية مؤقتاً حتى تدميرها على يد رئيس أساقفة ماينز في عام 1242. وفي عامي 1547 و1561، دمرت الحرائق جميع مباني العصور الوسطى تقريباً. كما كان لحرب الثلاثين عاماً آثار مدمرة. ومع ذلك، فمنذ عام 1690 فصاعداً، تم توسيع المدينة التي كان عدد سكانها في ذلك الوقت حوالي 730 نسمة فقط، وتم تحصينها من جديد. في عام 1744، نقل الأمير كارل فون ناساو-أوسينغن مقر إقامته إلى قصر بيبرش؛ وأصبحت فيسبادن مقر حكومة الإمارة، التي أصبحت فيما بعد دوقية ناساو (1806 إلى 1866).

في القرن التاسع عشر، تطورت المدينة لتصبح مدينة سبا عالمية. ولم يؤد ضم بروسيا لناساو في عام 1866 إلى وقف ازدهار فيسبادن. أصبحت فيسبادن عاصمة مقاطعة حكومية ومقصداً مفضلاً للتقاعد للضباط وكبار الموظفين الحكوميين والمتقاعدين الذين كانوا يعيشون على معاشاتهم التقاعدية أو فوائد ممتلكاتهم. وتميزت المدينة بالمباني السكنية المرموقة والقصور الفندقية والفيلات الأنيقة. نما عدد السكان بسرعة وتجاوز 100,000 نسمة في عام 1905.

وقد أضعفت الحرب العالمية الأولى والاحتلال الفرنسي والبريطاني اللاحق حتى عام 1930 والكساد الكبير القوة المالية للمدينة إلى حد كبير؛ حتى أن دمج الضواحي في عامي 1926 و1928 لم يغير من ذلك شيئاً يذكر. فقدت فيسبادن أهميتها السابقة باعتبارها "مدينة سبا عالمية".

كانت توجد العديد من مكاتب نظام الظلم النازي في فيسبادن منذ عام 1933 فصاعدًا. كما تم ترحيل اليهود والسنتي من هنا. تعرض العديد من سكان فيسبادن من مختلف الألوان السياسية للاضطهاد بسبب معارضتهم للنظام.

بعد تعرضها لأضرار قليلة نسبيًا خلال الحرب العالمية الثانية، أصبحت فيسبادن عاصمة ولاية هيسن في عام 1945، حيث استقرت العديد من دور النشر وشركات التأمين وشركات صناعة السينما وغيرها إلى جانب المكاتب الحكومية. تلعب فيسبادن أيضاً دوراً بارزاً كمدينة للمنتجعات الصحية والمؤتمرات وكواحدة من الأماكن المفضلة للعيش في منطقة الراين الرئيسية.