Wiesbaden Romalılar tarafından "Aquae Mattiacorum" olarak adlandırılmıştır - burada yaşayan ve üyeleri muhtemelen orijinal Kelt nüfusuyla erken dönemlerde karışmış olan bir Cermen Chatti kabilesi olan Mattiac'lardan sonra. Şehir bölgesindeki yerleşim izleri M.Ö. 3000'lerde Neolitik dönem kadar erken bir tarihte belgelenmiştir. Heidenberg'deki ilk askeri karakol (toprak kale) MS 6-15 yılları arasındaki geç Augustus dönemine tarihlendirilebilir; sivil Roma yerleşiminin gelişimi ise bir süre sonra termal hamamların genişletilmesiyle başlamıştır. Bu, 370 civarında bir duvarla güçlendirilmiştir - Heidenmauer olarak adlandırılan bu kalıntılar bugün hala görülebilir.

Dördüncü yüzyılın sonunda Alemanni'ler Mainz için bir köprübaşı olarak Wiesbaden'in korunmasını üstlendi ve yaklaşık bir yüzyıl sonra Franklar bölgeyi kolonileştirmeye başladı. Merovenj döneminde bir kraliyet sarayının merkezi olan kentten ilk kez 828/30 yılında "Wisabada" olarak bahsedilmiştir. Orta Çağ'ın sonlarından itibaren Wiesbaden, Nassau Kontluğu'na aitti. 13. yüzyılda, 1242 yılında Mainz Başpiskoposu tarafından yıkılana kadar geçici olarak bir imparatorluk şehriydi. 1547 ve 1561 yıllarında çıkan yangınlar Ortaçağ binalarının neredeyse tamamını yok etmiştir. Otuz Yıl Savaşları'nın da yıkıcı etkileri olmuştur. Ancak 1690'dan itibaren, o dönemde sadece 730 nüfusa sahip olan kasaba genişletildi ve yeniden tahkim edildi. 1744 yılında Prens Karl von Nassau-Usingen ikametgahını Biebrich Sarayı'na taşıdı; Wiesbaden prensliğin, daha sonra da Nassau Dükalığı'nın (1806'dan 1866'ya kadar) hükümet merkezi oldu.

19. yüzyılda şehir uluslararası bir kaplıca kenti haline geldi. Nassau'nun 1866'da Prusya tarafından ilhak edilmesi Wiesbaden'in yükselişini durduramadı. Wiesbaden bir hükümet bölgesinin başkenti ve emekli maaşlarıyla ya da mal varlıklarının faiziyle geçinen subaylar, üst düzey memurlar ve emekliler için gözde bir emeklilik evi haline geldi. Şehir manzarası prestijli konut binaları, otel sarayları ve zarif villalarla karakterize edildi. Nüfus hızla artmış ve 1905 yılında 100.000'i aşmıştır.

Birinci Dünya Savaşı, ardından 1930'a kadar süren Fransız ve İngiliz işgali ve Büyük Buhran şehrin mali gücünü önemli ölçüde zayıflattı; 1926 ve 1928'de banliyölerin kurulması bile bu durumu değiştirmeye yetmedi. Wiesbaden bir "dünya kaplıca kenti" olarak eski önemini yitirmişti.

Nazi adaletsizlik rejiminin çok sayıda ofisi 1933'ten itibaren Wiesbaden'de bulunuyordu. Yahudiler ve Sintiler de buradan sınır dışı edildi. Çeşitli siyasi renklere sahip birçok Wiesbaden sakini, rejime karşı çıktıkları için zulme uğradı.

İkinci Dünya Savaşı sırasında nispeten az zarar gören Wiesbaden, 1945 yılında Hessen eyaletinin başkenti oldu ve burada devlet dairelerinin yanı sıra çok sayıda yayınevi, sigorta şirketi ve film endüstrisi işletmesi kuruldu. Wiesbaden aynı zamanda bir kaplıca ve kongre şehri ve Ren-Main bölgesinde yaşamak için en gözde yerlerden biri olarak önemli bir rol oynamaktadır.