Мартін Німьоллер народився 14 січня 1892 року в Ліппштадті.

Після успішної кар'єри в Імперському флоті, яку він завершив командиром підводного човна після Першої світової війни, він почав вивчати протестантське богослов'я в Мюнстері в 1919 році. Як священнослужитель за часів Веймарської республіки, він працював над відновленням сенсу в суспільстві, яке, здавалося, було дезорієнтоване через християнське послання і порядок через церковні структури.

Спочатку підтримуючи прихід до влади націонал-соціалістів, Німьоллер став критиком режиму, коли дізнався про його антигуманну ідеологію. Після кількох арештів і судових процесів він був остаточно інтернований у різних концентраційних таборах з 1937 по 1945 рік.

Як член Ради Протестантської Церкви Німеччини та церковний президент Протестантської Церкви в Гессені та Нассау, він брав участь у відновленні церкви. У 1947 році він став президентом церкви і обіймав цю посаду до 1965 року. Як противник переозброєння та ядерного озброєння Західної Німеччини, він також був політично активним у 1950-х роках. У 1960-х роках був прихильником екуменізму.

17 грудня 1975 року його прийомне рідне місто Вісбаден вшанувало його, надавши йому почесне громадянство. На церемонії Німьоллер також підписав Золоту книгу міста.

Він помер у столиці землі Гессен 6 березня 1984 року. У 1987 році з ініціативи учнів гімназія в Мольткерингу була названа на честь колишнього президента церкви.