Мартин Нимёллер родился 14 января 1892 года в Липпштадте.

После успешной карьеры в Императорском флоте, которую он закончил в качестве командира подводной лодки после Первой мировой войны, он начал изучать протестантскую теологию в Мюнстере в 1919 году. Будучи священнослужителем во времена Веймарской республики, он работал над тем, чтобы вернуть смысл обществу, которое, казалось, было дезориентировано, с помощью христианского послания и порядка через церковные структуры.

Поначалу поддерживая приход к власти национал-социалистов, Нимёллер стал критиком режима, когда осознал его бесчеловечную идеологию. После нескольких арестов и судебных разбирательств он был заключен в различные концентрационные лагеря в период с 1937 по 1945 год.

Будучи членом Совета протестантской церкви Германии и церковным президентом протестантской церкви в Гессене и Нассау, он участвовал в восстановлении церкви. В 1947 году он стал президентом церкви и занимал этот пост до 1965 года. Будучи противником перевооружения и ядерного вооружения Западной Германии, он также был политически активен в 1950-х годах. В 1960-е годы он был приверженцем экуменизма.

17 декабря 1975 года его родной город Висбаден почтил его память, присвоив ему почетное гражданство. На церемонии Нимёллер также подписал Золотую книгу города.

Он умер в столице земли Гессен 6 марта 1984 года. В 1987 году по инициативе учеников гимназия в Мольткеринге была названа в честь бывшего главы церкви.