Ο Martin Niemöller γεννήθηκε στις 14 Ιανουαρίου 1892 στο Lippstadt.

Μετά από μια επιτυχημένη καριέρα στο Αυτοκρατορικό Ναυτικό, την οποία ολοκλήρωσε ως κυβερνήτης υποβρυχίων μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, άρχισε να σπουδάζει προτεσταντική θεολογία στο Münster το 1919. Ως κληρικός κατά τη διάρκεια της Δημοκρατίας της Βαϊμάρης, εργάστηκε για να αποκαταστήσει το νόημα σε μια κοινωνία που φαινομενικά είχε αποπροσανατολιστεί μέσω του χριστιανικού μηνύματος και της τάξης μέσω των εκκλησιαστικών δομών.

Αφού αρχικά υποστήριξε την άνοδο των εθνικοσοσιαλιστών στην εξουσία, ο Niemöller έγινε επικριτής του καθεστώτος μόλις συνειδητοποίησε την απάνθρωπη ιδεολογία του. Μετά από αρκετές συλλήψεις και δίκες, τελικά εγκλείστηκε σε διάφορα στρατόπεδα συγκέντρωσης από το 1937 έως το 1945.

Ως μέλος του Συμβουλίου της Προτεσταντικής Εκκλησίας της Γερμανίας και Εκκλησιαστικός Πρόεδρος της Προτεσταντικής Εκκλησίας της Έσσης και του Νασάου, συμμετείχε στην ανοικοδόμηση της εκκλησίας. Το 1947 ανέλαβε πρόεδρος της εκκλησίας, αξίωμα που κατείχε μέχρι το 1965. Ως πολέμιος του επανεξοπλισμού και του πυρηνικού εξοπλισμού της Δυτικής Γερμανίας, ήταν επίσης πολιτικά ενεργός τη δεκαετία του 1950. Τη δεκαετία του 1960, δεσμεύτηκε για τον οικουμενισμό.

Στις 17 Δεκεμβρίου 1975, η υιοθετημένη γενέτειρά του, το Βισμπάντεν, τον τίμησε απονέμοντάς του την τιμητική υπηκοότητα. Στην τελετή ο Νιέμολερ υπέγραψε επίσης τη Χρυσή Βίβλο της πόλης.

Πέθανε στην πρωτεύουσα του κρατιδίου της Έσσης στις 6 Μαρτίου 1984. Το 1987, με πρωτοβουλία των μαθητών του, το γυμνάσιο στο Μόλτκερινγκ πήρε το όνομα του πρώην προέδρου της εκκλησίας.