Martin Niemöller 14 Ocak 1892'de Lippstadt'ta doğdu.

Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra denizaltı komutanı olarak bitirdiği İmparatorluk Donanması'ndaki başarılı kariyerinin ardından 1919'da Münster'de Protestan teolojisi okumaya başladı. Weimar Cumhuriyeti döneminde bir din adamı olarak, Hıristiyan mesajı ve kilise yapıları aracılığıyla düzen yoluyla görünüşte yönünü kaybetmiş bir topluma yeniden anlam kazandırmak için çalıştı.

Başlangıçta Nasyonal Sosyalistlerin iktidara gelişini destekleyen Niemöller, rejimin insanlık dışı ideolojisinin farkına vardıktan sonra rejimi eleştirmeye başladı. Birkaç kez tutuklanıp yargılandıktan sonra 1937'den 1945'e kadar çeşitli toplama kamplarında tutuldu.

Almanya Protestan Kilisesi Konseyi'nin bir üyesi ve Hessen ve Nassau Protestan Kilisesi'nin Kilise Başkanı olarak kilisenin yeniden inşasında görev aldı. 1947 yılında kilise başkanı oldu ve bu görevi 1965 yılına kadar sürdürdü. Batı Almanya'nın yeniden silahlanmasına ve nükleer silahlanmaya karşı bir muhalif olarak 1950'lerde siyasi olarak da aktifti. 1960'larda kendini ekümenizme adamıştır.

17 Aralık 1975'te memleketi Wiesbaden, kendisine fahri vatandaşlık vererek onu onurlandırdı. Niemöller törende şehrin Altın Kitabını da imzaladı.

Hessen eyaletinin başkentinde 6 Mart 1984 tarihinde öldü. 1987 yılında öğrencilerin girişimiyle Moltkering'deki ortaokula eski kilise başkanının adı verildi.