W 1848 roku Carl Remigius Fresenius założył Laboratorium Chemiczne Freseniusa przy Kapellenstraße w Wiesbaden, które zajmowało się praktyką laboratoryjną i szkoleniem młodych naukowców. W 1862 r. utworzono oddzielny wydział szkoleniowy, który do 1866 r. stanowił podstawę egzaminu państwowego dla absolwentów. Na początku lat 70. XIX wieku Fresenius prowadził już wykłady i samouczki na temat mikroskopii praktycznej. Jako członek komisji doradczej wniósł znaczący wkład w stworzenie odpowiedniego programu studiów zgodnie z ustawą cesarską z 14 maja 1879 roku. 30 lat później kobiety po raz pierwszy wzięły udział w programie szkoleniowym.

W 1931 r. szkoła otrzymała państwowe uznanie za szkolenie techników chemicznych. W 1962 r. rozdzielono szkolenia i badania, wprowadzono program studiów inżynierskich i założono Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden jako wydział dydaktyczny. W 1965 r. instytucja została uznana za szkołę inżynierską, a w 1971 r. centrum edukacyjne uzyskało akredytację jako prywatny Uniwersytet Nauk Stosowanych Fresenius.

Od tego czasu kształceni są tam inżynierowie specjalizujący się w chemii. W 1973 roku dodano program szkoleniowy dla asystentów farmaceutyczno-technicznych. W 1991 roku do programu dyplomowego dodano semestr praktyczny. W następnym roku Fresenius otworzył oddziały w Dortmundzie i Herten, które we wrześniu 1993 roku zostały połączone w spółkę sponsorującą Fresenius Akademie.

We wrześniu 1995 r. era Wiesbaden, od 2008 r. znanej jako Fresenius University of Applied Sciences, dobiegła końca wraz z przeprowadzką do Idstein