Το 1848, ο Carl Remigius Fresenius ίδρυσε το Χημικό Εργαστήριο Fresenius στην Kapellenstraße του Wiesbaden, το οποίο ήταν αφιερωμένο στην εργαστηριακή πρακτική και την εκπαίδευση νέων επιστημόνων. Το 1862 δημιουργήθηκε ένα ξεχωριστό τμήμα εκπαίδευσης, το οποίο αποτέλεσε τη βάση για τις κρατικές εξετάσεις των αποφοίτων μέχρι το 1866. Στις αρχές της δεκαετίας του 1870, ο Fresenius έδινε ήδη διαλέξεις και μαθήματα πρακτικής μικροσκοπίας. Ως μέλος της συμβουλευτικής επιτροπής, συνέβαλε σημαντικά στη δημιουργία του αντίστοιχου προγράμματος σπουδών σύμφωνα με τον αυτοκρατορικό νόμο της 14ης Μαΐου 1879. 30 χρόνια αργότερα, οι γυναίκες συμμετείχαν για πρώτη φορά στο εκπαιδευτικό πρόγραμμα.

Το 1931, η σχολή έλαβε κρατική αναγνώριση για την εκπαίδευση χημικών τεχνικών. Το 1962, η εκπαίδευση και η έρευνα διαχωρίστηκαν, εισήχθη ένα πρόγραμμα σπουδών μηχανικού και ιδρύθηκε το Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden ως τμήμα διδασκαλίας. Το 1965, το ίδρυμα αναγνωρίστηκε ως σχολή μηχανικών πριν το εκπαιδευτικό κέντρο αναγνωριστεί ως ιδιωτικό Πανεπιστήμιο Εφαρμοσμένων Επιστημών Fresenius το 1971.

Έκτοτε, εκεί εκπαιδεύονται πτυχιούχοι μηχανικοί με ειδίκευση στη χημεία. Το 1973, προστέθηκε ένα πρόγραμμα κατάρτισης για βοηθούς φαρμακοτεχνικούς. Το 1991 προστέθηκε ένα πρακτικό εξάμηνο στο πρόγραμμα σπουδών. Το επόμενο έτος, η Fresenius άνοιξε υποκαταστήματα στο Ντόρτμουντ και στο Χέρτεν, τα οποία συγχωνεύθηκαν στη χρηματοδοτούσα εταιρεία Fresenius Akademie τον Σεπτέμβριο του 1993.

Τον Σεπτέμβριο του 1995, η εποχή του Wiesbaden που από το 2008 είναι γνωστό ως Πανεπιστήμιο Εφαρμοσμένων Επιστημών Fresenius έληξε με τη μετακόμιση στο Idstein.