În 1848, Carl Remigius Fresenius a fondat Laboratorul Chimic Fresenius în Kapellenstraße din Wiesbaden, care era dedicat practicii de laborator și formării tinerilor oameni de știință. În 1862, a fost creat un departament de formare separat, care a servit drept bază pentru examenul de stat pentru absolvenți până în 1866. La începutul anilor 1870, Fresenius ținea deja prelegeri și meditații pe tema microscopiei practice. În calitate de membru al comisiei consultative, el a avut o contribuție semnificativă la crearea programului de studii corespunzător, în conformitate cu legea imperială din 14 mai 1879. 30 de ani mai târziu, femeile au luat parte pentru prima dată la programul de formare.

În 1931, școala a primit recunoașterea statului pentru formarea tehnicienilor chimici. În 1962, formarea și cercetarea au fost separate, a fost introdus un program de studii de inginerie și a fost înființată Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden ca departament didactic. În 1965, instituția a fost recunoscută ca școală de inginerie, înainte ca centrul de învățământ să fie acreditat ca universitate privată Fresenius de științe aplicate în 1971.

De atunci, inginerii absolvenți specializați în chimie au fost formați aici. În 1973, a fost adăugat un program de formare pentru asistenții tehnico-farmaceutici. Un semestru practic a fost adăugat la programul de diplomă în 1991. În anul următor, Fresenius a deschis filiale în Dortmund și Herten, care au fuzionat în septembrie 1993 în cadrul societății sponsor Fresenius Akademie.

În septembrie 1995, era Wiesbaden a Universității de Științe Aplicate Fresenius, cunoscută din 2008, s-a încheiat prin mutarea la Idstein