Nel 1848, Carl Remigius Fresenius fondò il Laboratorio Chimico Fresenius nella Kapellenstraße di Wiesbaden, dedicato alla pratica di laboratorio e alla formazione di giovani scienziati. Nel 1862 fu creato un dipartimento di formazione separato, che costituì la base per l'esame di stato per i laureati fino al 1866. All'inizio degli anni Settanta del XIX secolo, Fresenius teneva già lezioni ed esercitazioni sulla microscopia pratica. In qualità di membro della commissione consultiva, contribuì in modo significativo alla creazione del corrispondente programma di laurea in conformità alla legge imperiale del 14 maggio 1879. 30 anni dopo, le donne parteciparono per la prima volta al programma di formazione.

Nel 1931 la scuola ottenne il riconoscimento statale per la formazione di tecnici chimici. Nel 1962, la formazione e la ricerca sono state separate, è stato introdotto un programma di laurea in ingegneria ed è stata fondata la Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden come dipartimento di insegnamento. Nel 1965 l'istituzione è stata riconosciuta come scuola di ingegneria, prima che il centro di formazione fosse accreditato come Università privata di Scienze Applicate Fresenius nel 1971.

Da allora, vi si formano ingegneri laureati specializzati in chimica. Nel 1973 è stato aggiunto un programma di formazione per assistenti tecnici farmaceutici. Nel 1991 è stato aggiunto un semestre pratico al programma di diploma. L'anno successivo Fresenius ha aperto le filiali di Dortmund e Herten, che nel settembre 1993 sono state fuse nell'azienda sponsor Fresenius Akademie.

Nel settembre 1995, l'era di Wiesbaden di quella che dal 2008 è conosciuta come Fresenius University of Applied Sciences si è conclusa con il trasferimento a Idstein.