В 1848 году Карл Ремигиус Фрезениус основал химическую лабораторию Фрезениуса на Капелленштрассе в Висбадене, которая была посвящена лабораторной практике и обучению молодых ученых. В 1862 году было создано отдельное учебное отделение, на базе которого до 1866 года проводились государственные экзамены для выпускников. К началу 1870-х годов Фрезениус уже читал лекции и учебные пособия по практической микроскопии. Будучи членом консультативной комиссии, он внес значительный вклад в создание соответствующей программы получения степени в соответствии с императорским законом от 14 мая 1879 года. Спустя 30 лет в программе обучения впервые приняли участие женщины.

В 1931 году школа получила государственное признание для подготовки техников-химиков. В 1962 году обучение и научные исследования были разделены, была введена программа подготовки инженеров и основана Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden в качестве учебного отделения. В 1965 году учебное заведение было признано инженерной школой, а в 1971 году образовательный центр был аккредитован как частный Университет прикладных наук Фрезениуса.

С тех пор здесь готовят дипломированных инженеров, специализирующихся в области химии. В 1973 году была добавлена программа подготовки помощников фармацевта-технолога. В 1991 году в дипломную программу был добавлен практический семестр. В следующем году компания Fresenius открыла филиалы в Дортмунде и Хертене, которые в сентябре 1993 года были объединены в спонсорскую компанию Fresenius Akademie.

В сентябре 1995 года в Висбадене закончилась эра Университета прикладных наук Фрезениуса, который с 2008 года стал называться Университетом прикладных наук Фрезениуса и переехал в Идштайн.