En 1848, Carl Remigius Fresenius fundó el Laboratorio Químico Fresenius en la Kapellenstraße de Wiesbaden, dedicado a la práctica de laboratorio y a la formación de jóvenes científicos. En 1862 se creó un departamento de formación independiente, que sirvió de base para el examen estatal de licenciados hasta 1866. A principios de la década de 1870, Fresenius ya impartía conferencias y tutorías sobre microscopía práctica. Como miembro de la comisión asesora, contribuyó decisivamente a la creación de la correspondiente carrera de acuerdo con la Ley Imperial de 14 de mayo de 1879. 30 años más tarde, las mujeres participaron por primera vez en el programa de formación.

En 1931, la escuela recibió el reconocimiento estatal para la formación de técnicos químicos. En 1962, se separaron la formación y la investigación, se introdujo un programa de licenciatura en ingeniería y se fundó la Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden como departamento docente. En 1965, la institución fue reconocida como escuela de ingeniería antes de que el centro educativo fuera acreditado como universidad privada Fresenius de Ciencias Aplicadas en 1971.

Desde entonces, allí se han formado ingenieros graduados especializados en química. En 1973, se añadió un programa de formación para asistentes técnico-farmacéuticos. En 1991 se añadió un semestre práctico al programa de diplomatura. Al año siguiente, Fresenius abrió sucursales en Dortmund y Herten, que se fusionaron en la empresa patrocinadora Fresenius Akademie en septiembre de 1993.

En septiembre de 1995, la era de Wiesbaden de lo que desde 2008 se conoce como Universidad Fresenius de Ciencias Aplicadas llegó a su fin con el traslado a Idstein