1848 yılında Carl Remigius Fresenius, Wiesbaden Kapellenstraße'de laboratuvar uygulamalarına ve genç bilim insanlarının eğitimine adanmış Fresenius Kimya Laboratuvarını kurdu. 1862 yılında, 1866 yılına kadar mezunlar için devlet sınavının temelini oluşturan ayrı bir eğitim bölümü oluşturuldu. Fresenius 1870'lerin başında pratik mikroskopi üzerine dersler ve eğitimler vermeye başlamıştı. Danışma komisyonunun bir üyesi olarak, 14 Mayıs 1879 tarihli İmparatorluk Yasası uyarınca ilgili derece programının oluşturulmasına önemli bir katkıda bulundu. 30 yıl sonra, kadınlar ilk kez eğitim programında yer aldı.

1931 yılında okul, kimya teknisyenlerinin eğitimi için devlet tarafından tanındı. 1962 yılında eğitim ve araştırma birbirinden ayrılmış, bir mühendislik lisans programı başlatılmış ve Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden bir öğretim bölümü olarak kurulmuştur. Eğitim merkezi 1971 yılında özel bir Fresenius Uygulamalı Bilimler Üniversitesi olarak akredite edilmeden önce 1965 yılında kurum bir mühendislik okulu olarak tanınmıştır.

O zamandan beri burada kimya alanında uzmanlaşmış yüksek mühendisler yetiştirilmektedir. 1973 yılında farmasötik-teknik asistanlar için bir eğitim programı eklenmiştir. Diploma programına 1991 yılında uygulamalı bir dönem eklenmiştir. Ertesi yıl Fresenius, Dortmund ve Herten'de şubeler açtı ve bunlar Eylül 1993'te sponsor şirket Fresenius Akademie ile birleştirildi.

Eylül 1995'te, 2008'den beri Fresenius Uygulamalı Bilimler Üniversitesi olarak bilinen kurumun Wiesbaden dönemi Idstein'a taşınmasıyla sona erdi