У 1848 році Карл Ремігіус Фрезеніус заснував Хімічну лабораторію Фрезеніуса на вулиці Капелленштрассе у Вісбадені, яка була присвячена лабораторній практиці та підготовці молодих науковців. У 1862 році було створено окремий навчальний відділ, на базі якого до 1866 року проводився державний іспит для випускників. На початку 1870-х років Фрезеніус вже читав лекції та навчальні посібники з практичної мікроскопії. Як член консультативної комісії, він зробив значний внесок у створення відповідної наукової програми згідно з імператорським законом від 14 травня 1879 року. Через 30 років у навчальній програмі вперше взяли участь жінки.

У 1931 році школа отримала державне визнання за підготовку хіміків-технологів. У 1962 році навчання і дослідження були відокремлені, запроваджено програму підготовки інженерів, а також засновано Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden як навчальний факультет. У 1965 році навчальний заклад було визнано інженерною школою, а в 1971 році освітній центр було акредитовано як приватний Університет прикладних наук Фрезеніуса.

Відтоді тут готують дипломованих інженерів, що спеціалізуються на хімії. У 1973 році була додана програма підготовки фармацевтично-технічних асистентів. У 1991 році до дипломної програми було додано практичний семестр. Наступного року компанія Fresenius відкрила філії в Дортмунді та Гертені, які у вересні 1993 року були об'єднані в компанію-спонсора Fresenius Akademie.

У вересні 1995 року вісбаденська ера того, що з 2008 року відоме як Університет прикладних наук Фрезеніуса, закінчилася з переїздом до Ідштайну.