En 1848 , Carl Remigius Fresenius a fondé le Laboratoire chimique Fresenius dans la Kapellenstraße à Wiesbaden, qui se consacrait à la pratique du laboratoire et à la formation de jeunes scientifiques. En 1862, un département de formation spécifique a été créé, qui a fourni jusqu'en 1866 la base pour l'examen d'État des diplômés. Au début des années 1870, Fresenius donnait déjà des cours et des exercices de microscopie pratique. En tant que membre de la commission consultative, il a contribué de manière décisive à la création du cursus correspondant selon la loi impériale du 14.05.1879. Trente ans plus tard, des femmes participèrent pour la première fois à la formation.

En 1931, l'école a obtenu la reconnaissance de l'État pour la formation de techniciens en chimie. En 1962, la séparation de la formation et de la recherche ainsi que l'introduction d'un cursus d'ingénieur et la création de la Gemeinnützige Chemieschule Fresenius Wiesbaden en tant que département d'enseignement ont eu lieu. En 1965, l'établissement a été reconnu comme école d'ingénieurs, avant que le centre de formation ne soit agréé en tant qu'école supérieure privée Fresenius en 1971.

Depuis, des ingénieurs diplômés en chimie y ont été formés. En 1973, une filière de formation d'assistants techniques en pharmacie a été ajoutée. En 1991, le cursus de diplôme a été complété par un semestre pratique. L'année suivante, Fresenius a ouvert des filiales à Dortmund et Herten, qui ont été regroupées en septembre 1993 au sein de la société responsable Fresenius Akademie.

En septembre 1995, le déménagement à Idstein marque la fin de l'ère de Wiesbaden de la Hochschule Fresenius, rebaptisée depuis 2008.