La musique d'église va au-delà du simple jeu d'orgue lors des services religieux et comprend également des chœurs et des ensembles instrumentaux ecclésiastiques ainsi que les cloches des églises. Outre les catholiques (évêché de Limbourg) et les protestants (Église évangélique de Hesse-Nassau, EKHN), Wiesbaden compte de nombreuses paroisses indépendantes, dont certaines disposent d'une musique d'église ambitieuse et d'orgues de qualité.

Le premier musicien d'église à plein temps à Wiesbaden (et dans tout le Nassau) fut Adolf Wald (1837- 1905), qui fut nommé organiste à l'église du marché en 1867 et qui fonda une association de chant d'église protestante en 1878. Wald introduisit également des concerts d'église avec des programmes variés ; ils jouissaient d'une grande popularité au-delà de la région. Son successeur , Friedrich Petersen (1881-1933), était également chargé de jouer de l'orgue sur le nouvel orgue Sauer de la maison de cure.

De nombreuses paroisses disposent aujourd'hui d'organistes bien formés : outre les musiciens d'église employés à plein temps, il existe de nombreux organistes à temps partiel ayant suivi une formation universitaire, dont des musiciens scolaires ayant l'orgue comme matière principale. L'Académie de musique de Wiesbaden propose une formation artistique dans le domaine de l'orgue, dont certains diplômés officient dans des églises de Wiesbaden. Le grand nombre de musiciens d'église à plein temps est unique dans la région : l'église protestante emploie quatre cantors A (Marktkirche, Lutherkirche, Bergkirche et Christophoruskirche, ces dernières étant également cantors du doyenné ou de la prévôté) ainsi que quatre cantors B (Kreuzkirche, Matthäuskirche et Ringkirche, ainsi que Bierstadt avec le deuxième cantor du doyenné), les postes A catholiques se trouvent à St. Bonifatius et St. Elisabeth.

Dans les banlieues également, le travail choral est exigeant. Les chœurs d'église les plus grands et les plus connus sont le chœur de Bach de l'église Luther, le chœur de l'église Bergkirche (depuis 1948), le chœur de St. Bonifatius (depuis 1862) et le Schiersteiner Kantorei (depuis 1962). L'église du marché accueille chaque année des représentations d'un chœur de projet à l'échelle de la ville, avec un orchestre et des solistes. Le chœur Reger, qui organise des concerts à Saint-Boniface et s'occupe en particulier de morceaux rarement entendus, répète également en fonction de projets. Le chœur de garçons de Wiesbaden a été fondé en 1960 et est soutenu par l'ensemble de la communauté protestante.

La plupart des paroisses disposent d'une chorale mixte. Souvent, ces chœurs existent depuis assez longtemps (par exemple, la fondation du chœur catholique de Frauenstein : 1858), mais ils doivent aujourd'hui faire face au manque de jeunes et au vieillissement de la population. Dans certaines paroisses, l'orientation stylistique du chœur s'éloigne du répertoire classique pour s'orienter vers le gospel/spirituel et la musique pop sacrée, comme par exemple dans le chœur "Gospical" de la paroisse Lukas. Par ailleurs, il existe également des chœurs de gospel qui ne sont pas liés à une paroisse, mais qui se considèrent plutôt comme des chœurs de concert. Il convient également de mentionner le chœur œcuménique de l'église de Klarenthal. Le nombre de chœurs d'hommes qui s'occupent du chant grégorien latin dans la liturgie catholique (Choralschola) est en constante diminution depuis la réforme liturgique ; il en reste actuellement trois.

La collaboration entre les musiciens d'église des confessions chrétiennes est mise en évidence lors de la manifestation "Stadtklänge" organisée dans toute la ville, qui présente pendant toute une journée différents ensembles, styles musicaux et formes de représentation dans de nombreuses églises et autres lieux de la ville. La musique d'église joue également un rôle important lors de la "Nuit des églises" qui a lieu chaque année.

L'église ne doit pas toujours être le lieu de représentation de la musique religieuse, car des concerts d'oratorios, de messes et de requiem ont également lieu au Kurhaus et au château de Biebrich ; le chœur de la ville de Wiesbaden (jusqu'en 1938 "Cäcilienverein"), fondé en 1836, compte de nombreuses œuvres de ce type à son répertoire.

Contrairement à Francfort, par exemple, les cloches des différentes églises de Wiesbaden ne sont pas harmonisées entre elles, ce qui peut produire des effets disgracieux lorsqu'elles sonnent en même temps. L'église Saint-Boniface possède le plus grand carillon, mais l'église du marché abrite également un carillon dans la tour centrale, l'un des rares carillons pouvant être déclenché manuellement par un système de jeu situé à 65 mètres de hauteur dans la tour. Au total, le carillon dispose de 49 cloches, quatre des cinq grandes cloches existantes ayant été intégrées. La note la plus grave (do1), d'un poids de 2,2 tonnes, est toutefois réservée au carillon. La cloche probablement la plus ancienne de Wiesbaden (vers 1430, inscription : "Meyster Johann von Mence der gos mec") est suspendue dans l'église Christophorus de Schierstein.