Dalla fine del III secolo all'inizio del V secolo d.C., Breckenheim fu sede di un insediamento paleo-alamanno. In base al nome del luogo, è probabile una fondazione franca tra il VI e il IX secolo, come nel caso di Delkenheim. Breckenheim viene menzionata per la prima volta il 1° maggio 950 in un diploma del re Ottone I; dal 1137 Breckenheim apparteneva ai signori di Eppstein. Breckenheim era uno dei villaggi più ricchi del loro dominio; qui avevano una fattoria fortificata, che probabilmente comprendeva un mulino menzionato nel 1300. Importanti proprietari terrieri ecclesiastici erano il capitolo della cattedrale di Magonza, l'abbazia di Santa Maria e l'abbazia di Bleidenstadt.

Come altri villaggi del Ländchen, B. fu coinvolto nei conflitti tra i conti di Nassau e i signori di Eppstein all'inizio del XV secolo; il villaggio fu bruciato in una faida alla fine del 1417. Ceduto dagli Eppsteiner ai Conti Palatini del Reno nel 1480/88, Breckenheim passò infine al Landgraviato d'Assia insieme al resto del "Ländchen" nel 1492.

Una cappella a Breckenheim fu menzionata per la prima volta il 15 maggio 1251; fu dedicata a San Nicola e divenne una chiesa parrocchiale indipendente nel 1310. Nel 1655, Medenbach e l'associata Wildsachsen erano una filiale di Breckenheim. La separazione avvenne solo nel 1984. La Riforma fu introdotta nel 1530. La chiesa fu distrutta da un incendio che distrusse la maggior parte del villaggio nel 1638; solo il campanile romanico sopravvisse. Nel 1720-24 fu costruita una nuova chiesa a sala barocca e il campanile fu ristrutturato. La chiesa era il centro del villaggio. Davanti ad essa si riuniva il tribunale, menzionato per la prima volta nel 1300. Era presieduto dallo Schultheiß, nominato dal popolo di Eppstein, che esercitava il potere di comando e il diritto penale nel villaggio. Era assistito da 16 dingleute nel 1368 e da cinque assessori nel 1375. Il tribunale distrettuale di Mechtildshausen era responsabile della giurisdizione del sangue. Un sigillo del tribunale del 1729 mostra San Michele con una spada nella mano destra e una bilancia nella sinistra.

Nel tardo Medioevo Breckenheim era un'importante comunità di viticoltori; il villaggio forniva il vino di massa all'abbazia di Bleidenstadt. Dopo la Guerra dei Trent'anni, tuttavia, la viticoltura diminuì; la gente cercò di migliorare la deprimente situazione economica coltivando tabacco e frutta, producendo aceto di frutta, pastorizia e commercio della lana. Un allevamento di pecore viene menzionato per la prima volta nel 1570. Nel 1614 c'erano un allevamento di pecore e un mulino, che il langravio Moritz aveva prestato a un amministratore della posta di Francoforte. Un frantoio, il Klingenmühle, fu costruito nel 1745 e funzionò fino al 1900. Il "Lochmühle", un mulino per il grano, esisteva dal 1846 al 1994.

Nel 1592, Breckenheim contava 43 case e 160 abitanti. Molte persone caddero a causa della Guerra dei Trent'anni e della peste, tanto che nel 1638 il villaggio contava solo otto abitanti e fu gravemente devastato. Anche i villaggi indipendenti di Harpach e Costloff, con 10 famiglie, tra Breckenheim e Medenbach, furono rasi al suolo e mai più ricostruiti. Nel 1668, 30 famiglie si erano nuovamente stabilite a Breckenheim.

Nel 1665 si parla per la prima volta delle condizioni della scuola. In quell'anno, il parroco chiese il denaro per lo stipendio di un maestro di scuola. Intorno al 1690 fu allestita la prima aula in un granaio delle decime. Fino ad allora, i bambini dovevano andare a scuola a Wallau. Nel 1724 fu costruita la prima scuola "vera e propria" in un edificio più grande con due aule e un appartamento per gli insegnanti; in questo edificio aveva sede anche il sindaco. Con l'introduzione dell'istruzione obbligatoria nel 1755, per la prima volta l'insegnamento fu affidato a un insegnante qualificato, che svolgeva anche le funzioni di organista, sacrestano e campanaro. Un secondo posto di insegnante fu creato nel 1845. Nel 1938 fu costruita una nuova scuola sul Mönchacker. La vecchia scuola servì da municipio fino al 1966; l'edificio fu demolito nel 1967. Nel 1750, Breckenheim ottenne un migliore approvvigionamento idrico grazie alla perforazione di nove pozzi. Breckenheim aveva una popolazione ebraica relativamente numerosa: nel 1794 era circa il 5%. Nel 1831, il duca Wilhelm zu Nassau rilasciò una lettera di protezione all'ebreo Salomon di Breckenheim. Nel 1843, 32 abitanti su 707 erano ebrei. Nel 1859, anche gli abitanti ebrei di Langenhain, Medenbach e Wildsachsen appartenevano alla comunità ebraica di Breckenheim. La famiglia Adolf e Rosa Kahn gestiva un'azienda di frutta e mangimi nel villaggio intorno al 1900; Adolf Kahn fu uno dei fondatori della società corale "Eintracht", fondata nel 1885. Breckenheim divenne parte di Nassau con la Deputazione Imperiale del 1803 e poi della Prussia nel 1866.

A partire dagli anni Trenta del XIX secolo furono ampliate le strade locali e l'autostrada per Igstadt. Dopo molte petizioni, nel 1804 fu costruita una nuova canonica e nel 1845 fu creata una seconda cattedra. Nel villaggio esisteva un corpo di vigili del fuoco fin dal 1763. Breckenheim fu collegata alla rete elettrica nel 1911. Nel 1928/29 il villaggio ricevette una moderna rete idrica. Dal 1927 esisteva un servizio di autobus municipale da Breckenheim a Bierstadt; da lì era possibile prendere il tram elettrico per Wiesbaden.

Breckenheim rimase un villaggio agricolo fino agli anni '50, ma l'agricoltura non era più la principale fonte di reddito per gli abitanti. Sempre più abitanti di Breckenheim si dedicarono alla sartoria e, soprattutto, all'edilizia. Le consegne di latte alla vicina città termale costituivano un'ulteriore fonte di reddito. A partire dagli anni Ottanta del XIX secolo furono fondati i primi club: la società corale "Eintracht" nel 1885, la società di ginnastica di Breckenheim nel 1890, il club di allevamento di pollame nel 1907, il club dei vigili del fuoco nel 1910, il club ciclistico Solidarität nel 1912 e la società corale "Frohsinn" nel 1922. Durante la Prima guerra mondiale ci furono 24 vittime, per le quali fu eretto un monumento commemorativo davanti alla chiesa nel 1923, dopo il ritiro dell'occupazione francese. La comunità sopravvisse alla Seconda guerra mondiale sostanzialmente indenne, a parte 64 caduti e dispersi.

Dopo la seconda guerra mondiale, la popolazione è cresciuta notevolmente a causa dell'afflusso di sfollati (1939: 826 abitanti; 1946: 1065 abitanti; 1950: 1142 abitanti). Negli anni '60, Breckenheim divenne una comunità residenziale privilegiata. Vennero designate ampie aree edificabili per gli abitanti di Wiesbaden, Magonza e Francoforte che volevano costruire, inizialmente "Auf der Ahl" e nell'area "Die Weinberge", cui si aggiunsero in seguito "Prügelwiese" e "Prügelgärten". Nel 1965 fu costruito un edificio polifunzionale per ospitare il municipio, la stazione dei vigili del fuoco e sette appartamenti. Nel 1980 la popolazione era triplicata. Nel 2014, Breckenheim contava circa 3.300 abitanti.

Negli anni Sessanta, il villaggio si è dotato di uno stemma basato sull'antico sigillo del tribunale, che raffigura una spada verticale d'argento con un'impugnatura d'oro e scaglie d'oro in rosso. Nel 1974, le autorità comunali decisero di incorporare Breckenheim a Wiesbaden. Il 21 giugno 1974 il Parlamento dell'Assia approvò la richiesta e l'incorporazione avvenne il 1° gennaio 1977.