С конца III века до начала V века нашей эры Брекенхайм был местом раннегаламаннского поселения. Судя по названию места, вероятно, что оно было основано франками в период с VI по IX век, как и в случае с Делькенхаймом. Брекенхайм впервые упоминается 1 мая 950 года в грамоте короля Оттона I; с 1137 года Брекенхайм принадлежал лордам Эппштайна. Брекенхайм был одной из самых богатых деревень в их владениях; здесь у них была укрепленная усадьба, в которой, вероятно, находилась мельница, упоминаемая в 1300 году. Важными церковными землевладельцами были капитул Майнцского собора, аббатство Святой Марии и Блейденштадтский монастырь.

Как и другие деревни в Лендхене, Б. был вовлечен в споры между графами Нассау и лордами Эппштайна в начале XV века; деревня была сожжена во время междоусобицы в конце 1417 года. В 1480/88 годах Эппштейны заложили ее графам Рейнского пфальца, а в 1492 году Брекенхайм вместе с остальными "лендхенами" перешел к ландграфу Гессенскому.

Часовня в Брекенхайме впервые упоминается 15 мая 1251 года; она была посвящена Святому Николаю и стала самостоятельной приходской церковью в 1310 году. В 1655 году Меденбах и связанный с ним Вильдзахсен стали филиалом Брекенхайма. Отделение произошло только в 1984 г. Реформация была введена в 1530 г. Церковь была разрушена во время пожара, уничтожившего большую часть деревни в 1638 году; уцелела только романская церковная башня. В 1720-24 годах была построена новая зальная церковь в стиле барокко, а башня отреставрирована. Церковь была центром деревни. Перед ней заседал суд, впервые упомянутый в 1300 году. Его возглавлял Шультхайс, назначаемый жителями Эппштайна; он осуществлял властные и уголовные полномочия в деревне. Ему помогали 16 динглейтов в 1368 году и пять олдерменов в 1375 году. Окружной суд Мехтильдсхаузена отвечал за кровную юрисдикцию. На судебной печати 1729 года изображен Святой Михаил с мечом в правой руке и весами в левой.

В позднем Средневековье Брекенхайм был важным винодельческим поселением; деревня поставляла массовое вино для аббатства Блейденштадт. Однако после Тридцатилетней войны виноделие пришло в упадок; жители пытались улучшить удручающую экономическую ситуацию, выращивая табак и фрукты, производя фруктовый уксус, занимаясь овцеводством и торговлей шерстью. Впервые овечья ферма упоминается в 1570 году. В 1614 году здесь были овцеводческая ферма и мельница, которую ландграф Мориц одолжил франкфуртскому почтовому администратору. В 1745 году была построена маслобойня "Клингенмюле", которая работала до 1900 года. Зерновая мельница "Лохмюле" существовала в 1846-94 годах.

В 1592 году в Брекенхайме было 43 дома и 160 жителей. Многие жители стали жертвами Тридцатилетней войны и чумы, и в 1638 году в деревне проживало всего восемь человек. Деревня была сильно опустошена. Независимые деревни Харпах и Костлофф с 10 семьями, расположенные между Брекенхаймом и Меденбахом, также были снесены с лица земли и так и не восстановлены. К 1668 году в Брекенхайме снова поселились 30 семей.

В 1665 году мы впервые слышим о состоянии школы. В этом году приходской священник потребовал денег на зарплату школьному учителю. Около 1690 года в десятинном амбаре был оборудован первый класс. До этого времени детям приходилось ходить в школу в Валлау. В 1724 году была построена первая "настоящая" школа в более просторном здании с двумя классными комнатами и квартирой для учителя; в этом здании также находились кабинеты мэра. С введением обязательного образования в 1755 году преподавание впервые начал квалифицированный учитель, который также выполнял функции органиста, пономаря и звонаря. Вторая должность учителя была создана в 1845 году. Новая школа была построена на Мёнхакере в 1938 году. Старая школа служила ратушей до 1966 года; здание было снесено в 1967 году. В 1750 году в Брекенхайме улучшили водоснабжение, пробурив девять скважин. В Брекенхайме было сравнительно много еврейского населения: в 1794 году оно составляло около 5 %. В 1831 году герцог Вильгельм цу Нассау выдал охранную грамоту еврею Саломону из Брекенхайма. В 1843 году из 707 жителей города 32 были евреями. В 1859 году еврейские жители Лангенхайна, Меденбаха и Вильдзахсена также входили в еврейскую общину Брекенхайма. Семья Адольфа и Розы Кан около 1900 года занималась в деревне торговлей фруктами и кормами для животных; Адольф Кан был одним из основателей хорового общества "Айнтрахт", которое было создано в 1885 году. Брекенхайм вошел в состав Нассау по решению императорской депутации 1803 года, а затем в состав Пруссии в 1866 году.

С 1830-х годов были расширены местные дороги и автострада до Игштадта. После многочисленных прошений в 1804 году был построен новый викариатский дом, а в 1845 году была создана вторая должность учителя. С 1763 года в деревне существовала пожарная команда. Брекенхайм был подключен к электросети в 1911 году. В 1928/29 году в деревне появился современный водопровод. С 1927 года из Брекенхайма в Бирштадт ходил муниципальный автобус, а оттуда на электрическом трамвае можно было добраться до Висбадена.

Брекенхайм оставался фермерской деревней вплоть до 1950-х годов, но сельское хозяйство перестало быть основным источником дохода для жителей. Все больше жителей Брекенхайма стали заниматься пошивом одежды и, прежде всего, строительством. Дополнительным источником дохода стали поставки молока в близлежащий курортный город. Первые клубы появились в деревне в 1880-х годах: хоровое общество "Айнтрахт" в 1885 году, гимнастический клуб Брекенхайма в 1890 году, клуб птицеводов в 1907 году, клуб пожарной команды в 1910 году, велосипедный клуб "Солидарность" в 1912 году и хоровое общество "Фроссинн" в 1922 году. В Первой мировой войне погибли 24 человека, которым в 1923 году после ухода французских оккупантов перед церковью был установлен мемориал. Вторую мировую войну община пережила практически без потерь, не считая 64 павших и пропавших без вести.

После Второй мировой войны население значительно выросло за счет притока перемещенных лиц (1939: 826 жителей; 1946: 1065 жителей; 1950: 1142 жителя). В 1960-х годах Брекенхайм стал излюбленным местом жительства. Для жителей Висбадена, Майнца и Франкфурта были выделены большие участки под застройку: первоначально "Auf der Ahl" и в районе "Die Weinberge", позже были добавлены "Prügelwiese" и "Prügelgärten". В 1965 году было построено многофункциональное здание, в котором разместились ратуша, пожарная часть и семь квартир. К 1980 году население города увеличилось в три раза. В 2014 году в Брекенхайме проживало около 3 300 человек.

В 1960-х годах деревня получила герб, основанный на старой судебной печати, на которой изображен вертикальный серебряный меч с золотой рукояткой и золотыми чешуйками красного цвета. В 1974 году муниципальные власти решили, что Брекенхайм должен быть включен в состав Висбадена. 21 июня 1974 года парламент земли Гессен одобрил эту просьбу, и 1 января 1977 года город был присоединен к Гессену.