От края на III в. до началото на V в. сл.Хр. в Брекенхайм се е намирало раннохаламанско селище. Въз основа на името на местността е вероятно франкско основаване от VI до IX в., какъвто е случаят с Делкенхайм. Брекенхайм е споменат за първи път на 1 май 950 г. в грамота на крал Ото I; от 1137 г. Брекенхайм принадлежи на господарите на Епщайн. Брекенхайм е било едно от най-богатите села в техните владения; тук те са имали укрепено стопанство, което вероятно е включвало мелница, спомената през 1300 г. Важни църковни земевладелци са били капитулът на катедралата в Майнц, абатството "Света Мария" и манастирът Блайденщат.

Подобно на други села в Ландхен, Б. е въвлечено в споровете между графовете на Насау и господарите на Епщайн в началото на XV в.; селото е опожарено по време на вражда в края на 1417 г. Заложено от епщайнерите на графовете пфалцграфи на Рейн през 1480/88 г., Брекенхайм окончателно преминава към Ландграфство Хесен заедно с останалата част от "Ландхен" през 1492 г.

Параклисът в Брекенхайм се споменава за първи път на 15 май 1251 г.; той е посветен на Свети Николай и през 1310 г. става самостоятелна енорийска църква. През 1655 г. Меденбах и свързаният с него Вилдсаксен са клон на Брекенхайм. Отделянето се извършва едва през 1984 г. Реформацията е въведена през 1530 г. Църквата е разрушена при пожар, който унищожава по-голямата част от селото през 1638 г.; оцелява само романската кула на църквата. В периода 1720-24 г. е построена нова барокова църква със зала, а кулата е обновена. Църквата е била център на селото. Пред нея се провеждали заседанията на съда, който е споменат за първи път през 1300 г. Той е бил председателстван от Шултхайз, който е бил назначаван от жителите на Епщайн; той е упражнявал властта на командването и наказателното право в селото. През 1368 г. той е бил подпомаган от 16 дингути, а през 1375 г. - от петима старейшини. Районният съд в Мехтилдсхаузен е отговарял за кръвната юрисдикция. На съдебен печат от 1729 г. е изобразен Свети Михаил с меч в дясната ръка и везни в лявата.

През късното Средновековие Брекенхайм е важна лозарска община; селото доставя масовото вино за абатството Блайденщат. След Тридесетгодишната война обаче лозарството запада; хората се опитват да подобрят потискащото икономическо положение с отглеждане на тютюн и плодове, производство на плодов оцет, овцевъдство и търговия с вълна. За първи път през 1570 г. се споменава овцеферма. През 1614 г. има овцеферма и мелница, които ландграф Мориц е дал назаем на един франкфуртски пощенски администратор. През 1745 г. е построена мелница за масло - Klingenmühle, която работи до 1900 г. През 1846-94 г. съществува мелница за зърно "Lochmühle".

През 1592 г. Брекенхайм има 43 къщи и 160 жители. Много хора стават жертва на Тридесетгодишната война и чумата и селото има само осем жители през 1638 г. Селото е силно опустошено. Независимите села Харпах и Костлоф с 10 семейства между Брекенхайм и Меденбах също са изравнени със земята и никога не са възстановени. През 1668 г. в Брекенхайм отново се заселват 30 семейства.

През 1665 г. за първи път чуваме за условията в училището. През тази година енорийският свещеник иска пари за заплата на учител. Около 1690 г. в плевнята за десятъка е създадена първата класна стая. Дотогава децата е трябвало да ходят на училище във Валау. През 1724 г. е построено първото "истинско" училище в по-голяма сграда с две класни стаи и учителска квартира; в тази сграда кметът също имал своите кабинети. С въвеждането на задължителното образование през 1755 г. квалифициран учител за първи път поема преподаването; той изпълнява и функциите на органист, ктитор и звънар. През 1845 г. е създадена втора учителска длъжност. През 1938 г. е построено ново училище на Мьонхакер. Старото училище служи за кметство до 1966 г.; сградата е съборена през 1967 г. През 1750 г. Брекенхайм се сдобива с по-добро водоснабдяване, като пробива девет кладенеца. Брекенхайм има сравнително голямо еврейско население: през 1794 г. то е около 5%. През 1831 г. херцог Вилхелм цу Насау издава защитно писмо на евреина Саломон от Брекенхайм. През 1843 г. 32 от общо 707 жители са евреи. През 1859 г. към еврейската общност в Брекенхайм принадлежат и еврейските жители на Лангенхайн, Меденбах и Вилдсаксен. Семейство Адолф и Роза Кан управляват около 1900 г. бизнес с плодове и фуражи за животни в селото; Адолф Кан е един от основателите на основаното през 1885 г. хорово дружество "Айнтрахт". С императорската депутация от 1803 г. Брекенхайм става част от Насау, а през 1866 г. - от Прусия.

От 30-те години на XIX в. местните пътища и магистралата до Игщадт са разширени. След многобройни петиции през 1804 г. е построено ново викарийно здание, а през 1845 г. е създадена втора учителска длъжност. От 1763 г. в селото има пожарна команда. Брекенхайм е свързан към електрическата мрежа през 1911 г. През 1928/29 г. селото е снабдено с модерен водопровод. От 1927 г. има общинска автобусна линия от Брекенхайм до Биерщат; оттам може да се пътува с електрически трамвай до Висбаден.

Брекенхайм остава земеделско село до 50-те години на ХХ век, но земеделието вече не е основен източник на доходи за жителите. Все повече жители на Брекенхайм се насочват към шивашката промишленост и най-вече към строителството. Доставките на мляко за близкия курортен град са допълнителен източник на доходи. Първите клубове са основани в селото от 80-те години на XIX век: хоровото дружество "Айнтрахт" през 1885 г., гимнастическият клуб "Брекенхайм" през 1890 г., клубът по птицевъдство през 1907 г., клубът на пожарникарите през 1910 г., колоездачният клуб "Солидарност" през 1912 г. и хоровото дружество "Фрохсин" през 1922 г. В Първата световна война има 24 жертви, за които през 1923 г. след оттеглянето на френската окупация пред църквата е издигнат паметник. Общността преживява Втората световна война до голяма степен невредима, с изключение на 64 паднали и изчезнали.

След Втората световна война населението нараства значително поради притока на разселени лица (1939 г.: 826 жители; 1946 г.: 1065 жители; 1950 г.: 1142 жители). През 60-те години на ХХ век Брекенхайм се превръща в предпочитана жилищна общност. За хората от Висбаден, Майнц и Франкфурт, които искат да строят, са определени големи строителни площи, първоначално "Auf der Ahl" и в района "Die Weinberge", а по-късно са добавени "Prügelwiese" и "Prügelgärten". През 1965 г. е построена многофункционална сграда, в която се помещават кметството, пожарната и седем апартамента. До 1980 г. населението се утроява. През 2014 г. Брекенхайм има около 3300 жители.

През 60-те години на ХХ век селото получава герб, базиран на стария съдебен печат, който изобразява вертикален сребърен меч със златна дръжка и златни люспи в червено. През 1974 г. общинските власти решават, че Брекенхайм трябва да бъде присъединен към Висбаден. На 21 юни 1974 г. парламентът на провинция Хесен одобрява това искане и присъединяването се извършва на 1 януари 1977 г.