Desde finales del siglo III hasta principios del siglo V d.C., Breckenheim fue el emplazamiento de un asentamiento de los primeros halamanes. Por el topónimo, es probable una fundación franca entre los siglos VI y IX, como en el caso de Delkenheim. Breckenheim se menciona por primera vez el 1 de mayo de 950 en un diploma del rey Otón I; a partir de 1137, Breckenheim perteneció a los señores de Eppstein. Breckenheim era uno de los pueblos más ricos de sus dominios; tenían aquí una granja fortificada, que probablemente incluía un molino mencionado en 1300. Importantes propietarios eclesiásticos eran el cabildo de la catedral de Maguncia, la abadía de Santa María y el monasterio de Bleidenstadt.

Al igual que otros pueblos del Ländchen, B. se vio envuelto en las disputas entre los condes de Nassau y los señores de Eppstein a principios del siglo XV; el pueblo fue incendiado en una disputa a finales de 1417. En 1480/88, los señores de Eppstein lo cedieron en prenda a los condes palatinos del Rin y, en 1492, Breckenheim pasó finalmente, junto con el resto del "Ländchen", al landgraviato de Hesse.

El 15 de mayo de 1251 se menciona por primera vez una capilla en Breckenheim, dedicada a San Nicolás y convertida en parroquia independiente en 1310. En 1655, Medenbach y las Wildsachsen asociadas eran una rama de Breckenheim. La separación no tuvo lugar hasta 1984. La Reforma se introdujo en 1530. La iglesia fue destruida en un incendio que arrasó la mayor parte del pueblo en 1638; sólo sobrevivió la torre románica de la iglesia. Entre 1720 y 1724 se construyó una nueva iglesia barroca de salón y se renovó la torre. La iglesia era el centro del pueblo. Delante de ella se reunía el tribunal, mencionado por primera vez en 1300. Estaba presidido por el Schultheiß, que era nombrado por el pueblo de Eppstein; ejercía el poder de mando y el derecho penal en el pueblo. Estaba asistido por 16 dingleute en 1368 y cinco regidores en 1375. El tribunal del distrito de Mechtildshausen se encargaba de la jurisdicción de sangre. Un sello del tribunal de 1729 muestra a San Miguel con una espada en la mano derecha y una balanza en la izquierda.

Breckenheim fue una importante comunidad vinícola a finales de la Edad Media; el pueblo suministraba el vino de misa a la abadía de Bleidenstadt. Sin embargo, tras la Guerra de los Treinta Años, la viticultura decayó; la gente intentó mejorar la deprimente situación económica cultivando tabaco y fruta, produciendo vinagre de frutas, criando ovejas y comerciando con lana. En 1570 se menciona por primera vez una explotación ovina. En 1614 había una granja de ovejas y un molino, que el landgrave Moritz había prestado a un administrador de correos de Francfort. En 1745 se construyó una almazara, la Klingenmühle, que funcionó hasta 1900. La "Lochmühle", un molino de grano, existió entre 1846 y 1894.

En 1592, Breckenheim tenía 43 casas y 160 habitantes. Muchas personas fueron víctimas de la Guerra de los Treinta Años y de la peste, y en 1638 el pueblo sólo contaba con ocho habitantes, quedando gravemente devastado. Los pueblos independientes de Harpach y Costloff, con 10 familias entre Breckenheim y Medenbach, también fueron arrasados y nunca reconstruidos. En 1668, 30 familias se habían asentado de nuevo en Breckenheim.

En 1665 oímos hablar por primera vez de las condiciones de la escuela. En este año, el párroco exigió dinero para el sueldo de un maestro de escuela. Hacia 1690 se instaló la primera aula en un granero de diezmos. Hasta entonces, los niños tenían que ir a la escuela en Wallau. En 1724, se construyó la primera escuela "propiamente dicha" en un edificio más grande con dos aulas y un piso para el maestro; el alcalde también tenía sus oficinas en este edificio. Con la introducción de la enseñanza obligatoria en 1755, un maestro cualificado se hizo cargo de la enseñanza por primera vez; también actuaba como organista, sacristán y campanero. En 1845 se creó un segundo puesto de maestro. En 1938 se construyó una nueva escuela en el Mönchacker. La antigua escuela sirvió de ayuntamiento hasta 1966; el edificio fue demolido en 1967. En 1750, Breckenheim obtuvo un mejor suministro de agua mediante la perforación de nueve pozos. Breckenheim tenía una población judía comparativamente numerosa: en 1794 rondaba el 5%. En 1831, el duque Wilhelm zu Nassau expidió una carta de protección al judío Salomon de Breckenheim. En 1843, 32 de los 707 habitantes eran judíos. En 1859, los habitantes judíos de Langenhain, Medenbach y Wildsachsen también pertenecían a la comunidad judía de Breckenheim. La familia Adolf y Rosa Kahn regentaba un negocio de frutas y piensos en el pueblo hacia 1900; Adolf Kahn fue uno de los fundadores del orfeón "Eintracht", fundado en 1885. Breckenheim pasó a formar parte de Nassau con la diputación imperial de 1803 y, posteriormente, de Prusia en 1866.

A partir de la década de 1830 se ampliaron las carreteras locales y la autopista a Igstadt. Tras numerosas peticiones, en 1804 se construyó una nueva vicaría y en 1845 se creó un segundo puesto de enseñanza. Desde 1763 había un cuerpo de bomberos en el pueblo. Breckenheim se conectó a la red eléctrica en 1911. En 1928/29, el pueblo recibió un moderno suministro de agua. A partir de 1927, hubo un servicio municipal de autobuses de Breckenheim a Bierstadt; desde allí, era posible tomar el tranvía eléctrico a Wiesbaden.

Breckenheim siguió siendo un pueblo agrícola hasta la década de 1950, pero la agricultura dejó de ser la principal fuente de ingresos de sus habitantes. Cada vez más habitantes de Breckenheim se dedicaron a la sastrería y, sobre todo, a la construcción. El reparto de leche a la cercana ciudad balneario supuso una fuente de ingresos adicional. A partir de la década de 1880 se fundaron los primeros clubes en el pueblo: el orfeón "Eintracht" en 1885, el club de gimnasia Breckenheim en 1890, el club de cría de aves de corral en 1907, el club de bomberos en 1910, el club ciclista "Solidarität" en 1912 y el orfeón "Frohsinn" en 1922. En la Primera Guerra Mundial hubo 24 bajas, para las que se erigió un monumento frente a la iglesia en 1923, tras la retirada de la ocupación francesa. La comunidad sobrevivió a la Segunda Guerra Mundial prácticamente ilesa, aparte de los 64 caídos y desaparecidos.

Tras la Segunda Guerra Mundial, la población creció considerablemente debido a la afluencia de personas desplazadas (1939: 826 habitantes; 1946: 1065 habitantes; 1950: 1142 habitantes). En la década de 1960, Breckenheim se convirtió en una comunidad residencial privilegiada. Se designaron grandes zonas edificables para las personas de Wiesbaden, Maguncia y Fráncfort que quisieran construir, inicialmente "Auf der Ahl" y en la zona de "Die Weinberge", más tarde se añadieron "Prügelwiese" y "Prügelgärten". En 1965 se construyó un edificio polivalente para albergar el ayuntamiento, el parque de bomberos y siete viviendas. En 1980, la población se había triplicado. En 2014, Breckenheim tenía unos 3.300 habitantes.

En la década de 1960, el pueblo recibió un escudo de armas basado en el antiguo sello de la corte, que representa una espada vertical de plata con empuñadura dorada y escamas doradas en rojo. En 1974, las autoridades municipales decidieron que Breckenheim se incorporara a Wiesbaden. El 21 de junio de 1974, el parlamento del estado de Hesse aprobó esta petición y la incorporación tuvo lugar el 1 de enero de 1977.