La maggior parte del trattamento delle acque reflue di Wiesbaden avviene nell'impianto di depurazione principale di Salzbachtal. In media, ogni giorno vengono trattati 50 milioni di litri di acque reflue provenienti dai distretti di Auringen, Bierstadt, Dotzheim (parzialmente), Erbenheim, Heßloch, Igstadt, Klarenthal, Kloppenheim, Medenbach, Naurod, Rambach e Sonnenberg. Il secondo impianto di trattamento delle acque reflue ancora in funzione è quello di Biebrich. Qui viene trattato il resto delle acque reflue di Wiesbaden, in media 18 milioni di litri al giorno. Qui vengono trattate le acque reflue di Biebrich, Dotzheim (parzialmente), Frauenstein, Amöneburg, Kastel, Kostheim e Schierstein. Fanno eccezione Breckenheim, Delkenheim e Nordenstadt, le cui acque reflue confluiscono nell'associazione delle acque reflue di Flörsheim. Tutti gli impianti di trattamento delle acque reflue più piccoli costruiti nel XX secolo in varie zone di Wiesbaden e in luoghi incorporati da Wiesbaden sono stati chiusi nel 2001 o nel 2006.

Si distingue tra due fasi di trattamento delle acque reflue: il trattamento meccanico, in cui gli inquinanti più grossolani vengono rimossi dalle acque reflue, e il trattamento biologico, in cui i composti di carbonio, i fosfati e l'azoto ammonico contenuti nelle acque reflue vengono in gran parte scomposti dai batteri.

Il principale impianto di depurazione di Wiesbaden è stato costruito nel 1884 nella valle Salzbachtal - per un bacino d'utenza corrispondente a quello dell'attuale centro città - ed è stato il primo impianto di depurazione con un'elevata capacità di depurazione per l'epoca. Era costituito da tre vasche di sedimentazione lunghe 30 metri e larghe 10, in cui potevano essere trattati circa 2.500 metri cubi di acque reflue con latte di calce e l'aggiunta di aria compressa. Negli anni successivi, il grado di depurazione fu migliorato con l'uso di diversi vagli. I vagli ad arpa, rotanti e a corda rimuovevano anche i contaminanti più grossolani. Nell'ultimo anno della Seconda Guerra Mondiale, questo impianto di vagliatura fu distrutto dalle bombe.

Negli anni successivi, le acque reflue del centro di Wiesbaden confluirono completamente non trattate nel Salzbach e, attraverso questo, nel Reno. Nel 1950 iniziarono i lavori per la costruzione di un impianto di trattamento meccanico con digestione dei fanghi nello stesso luogo, che entrò in funzione due anni dopo. Nel periodo 1952-62, l'impianto fu ampliato e migliorato gradualmente. Le acque reflue di 150.000 abitanti potevano essere trattate in questo impianto di depurazione. Tuttavia, ben presto si rivelò troppo piccolo e completamente sovraccarico. Negli anni '70 fu quindi costruito un nuovo impianto: La fase di trattamento meccanico (1974), la fase di disidratazione dei fanghi (1975), le torri di digestione (1976) e la nuova fase di trattamento biologico (1977) furono messe in funzione una dopo l'altra. 22 anni dopo, l'ammodernamento dell'impianto principale di trattamento delle acque reflue era di nuovo all'ordine del giorno. In totale, l'impianto è stato ricostruito nell'arco di otto anni (1995-2003), senza interrompere l'attività.

Da alcuni anni Wiesbaden dispone di uno degli impianti di trattamento delle acque reflue più moderni d'Europa. L'impianto di depurazione di Biebrich è stato costruito nel 1905 nel quartiere "Rheinfeld" come impianto di vagliatura per il trattamento delle acque reflue. Diversi vagli e setacci rimuovevano gli inquinanti più grossolani dalle acque reflue. Gli inquinanti rimanenti potevano quindi essere scaricati nel fiume per molti decenni senza problemi, grazie all'elevata capacità autopulente del Reno. La situazione cambiò bruscamente dopo la Seconda Guerra Mondiale. Nel 1963 è iniziata la costruzione di un impianto di trattamento meccanico-biologico delle acque reflue in un sito non lontano dal vecchio impianto, che è stato ampliato negli anni Settanta. L'impianto di depurazione di Biebrich è stato modernizzato in due fasi tra il 1999 e il 2008. In primo luogo, è stato ammodernato l'acquedotto. Dal suo completamento (2001), l'intero processo di trattamento delle acque reflue si svolge in un unico edificio. In questo modo sono stati praticamente eliminati i rumori e gli odori molesti. Nell'agosto 2008, dopo quattro anni di lavori, è stato messo in funzione il nuovo percorso dei fanghi. Dopo il completamento della modernizzazione dell'impianto di depurazione di Biebrich, i due impianti di depurazione di Kostheim e Kastel, costruiti nel 1957/58 e nel 1968, sono stati dismessi. Da allora, le acque reflue di AKK sono state convogliate a Biebrich per il trattamento attraverso stazioni di pompaggio e fognature.

Nel 1976, l'associazione per le acque reflue di Naurod-Auringen ha messo in funzione il nuovo impianto di trattamento delle acque reflue di Auringen. Nel 1977, nell'ambito della riforma regionale, la responsabilità fu trasferita all'azienda di drenaggio della città di Wiesbaden. L'impianto di depurazione è stato ampliato nel 1984 e disattivato nel 2006. Dal 1970 al 2006, le acque reflue di Medenbach sono state trattate nell'impianto di depurazione costruito fuori città. Dal 2006, le acque reflue dei tre sobborghi sono state convogliate attraverso stazioni di pompaggio e fognature all'impianto di depurazione principale per essere depurate.