Większość oczyszczania ścieków w Wiesbaden odbywa się w głównej oczyszczalni ścieków Salzbachtal. Każdego dnia oczyszczanych jest tam średnio 50 milionów litrów ścieków z dzielnic Auringen, Bierstadt, Dotzheim (częściowo), Erbenheim, Heßloch, Igstadt, Klarenthal, Kloppenheim, Medenbach, Naurod, Rambach i Sonnenberg. Drugą oczyszczalnią ścieków, która działa do dziś, jest oczyszczalnia ścieków w Biebrich. Oczyszczane są tam pozostałe ścieki z Wiesbaden, średnio 18 milionów litrów dziennie. Oczyszczane są tu ścieki z Biebrich, Dotzheim (częściowo), Frauenstein, Amöneburg, Kastel, Kostheim i Schierstein. Wyjątkiem są Breckenheim, Delkenheim i Nordenstadt, z których ścieki trafiają do oczyszczalni Flörsheim. Wszystkie mniejsze oczyszczalnie ścieków, które zostały zbudowane w XX wieku w różnych częściach Wiesbaden i w miejscowościach włączonych do Wiesbaden, zostały zamknięte w 2001 lub 2006 roku.

Rozróżnia się dwa etapy oczyszczania ścieków: oczyszczanie mechaniczne, w którym gruboziarniste zanieczyszczenia są usuwane ze ścieków, oraz oczyszczanie biologiczne, w którym związki węgla, fosforany i azot amonowy zawarte w ściekach są w dużej mierze rozkładane przez bakterie.

Główna oczyszczalnia ścieków w Wiesbaden została zbudowana w 1884 roku w dolinie Salzbachtal - dla obszaru zlewni odpowiadającego dzisiejszemu centrum miasta - jako pierwsza oczyszczalnia ścieków o wysokiej wydajności oczyszczania w tamtych czasach. Składała się ona z trzech zbiorników sedymentacyjnych o długości 30 metrów i szerokości 10 metrów, w których można było oczyścić około 2500 metrów sześciennych ścieków za pomocą mleka wapiennego i sprężonego powietrza. W późniejszych latach stopień oczyszczania poprawiono poprzez zastosowanie różnych sit. Sita harfowe, obrotowe i strunowe również usuwały grubsze zanieczyszczenia. W ostatnim roku II Wojny Światowej oczyszczalnia została zniszczona przez bomby.

W kolejnych latach ścieki z centrum Wiesbaden płynęły całkowicie nieoczyszczone do rzeki Salzbach - a przez nią do Renu. W 1950 r. rozpoczęto prace nad budową mechanicznej oczyszczalni ścieków z fermentacją osadów w tej samej lokalizacji, która została uruchomiona dwa lata później. W latach 1952-62 oczyszczalnia była stopniowo rozbudowywana i ulepszana. W tej oczyszczalni ścieków można było oczyszczać ścieki 150 000 mieszkańców. Wkrótce jednak okazała się ona zbyt mała i całkowicie przeciążona. W związku z tym w latach 70-tych wybudowano nową oczyszczalnię: Oddano do użytku kolejno stopień oczyszczania mechanicznego (1974), stopień odwadniania osadu (1975), wieże fermentacyjne (1976) i nowy stopień oczyszczania biologicznego (1977). 22 lata później ponownie przystąpiono do modernizacji głównej oczyszczalni ścieków. W sumie oczyszczalnia została przebudowana w ciągu ośmiu lat (1995-2003) - bez przerywania pracy.

Od kilku lat Wiesbaden posiada jedną z najnowocześniejszych oczyszczalni ścieków w Europie. Oczyszczalnia ścieków w Biebrich została zbudowana w 1905 roku w dzielnicy "Rheinfeld" jako oczyszczalnia ścieków. Kilka sit i przesiewaczy usuwało ze ścieków gruboziarniste zanieczyszczenia. Pozostałe zanieczyszczenia mogły być następnie odprowadzane do rzeki przez wiele dziesięcioleci bez żadnych obaw ze względu na wysoką zdolność Renu do samooczyszczania. Sytuacja zmieniła się gwałtownie po II wojnie światowej. W 1963 roku rozpoczęto budowę mechaniczno-biologicznej oczyszczalni ścieków w miejscu niedaleko starej oczyszczalni, która została rozbudowana w latach 70-tych. Oczyszczalnia ścieków Biebrich została zmodernizowana w dwóch etapach w latach 1999-2008. Najpierw zmodernizowano drogę wodną. Od czasu jej ukończenia (2001 r.) cały proces oczyszczania ścieków odbywa się w jednym budynku. Dzięki temu praktycznie wyeliminowano hałas i uciążliwe zapachy. W sierpniu 2008 r., po czterech latach budowy, oddano do użytku nową ścieżkę osadową. Po zakończeniu modernizacji oczyszczalni ścieków Biebrich, dwie oczyszczalnie ścieków w Kostheim i Kastel, zbudowane w latach 1957/58 i 1968, zostały wyłączone z eksploatacji. Od tego czasu ścieki z AKK są kierowane do Biebrich w celu oczyszczenia za pomocą przepompowni i kanałów.

W 1976 r. Związek Ściekowy Naurod-Auringen uruchomił nowo wybudowaną oczyszczalnię ścieków w Auringen. W 1977 r., w ramach reformy regionalnej, odpowiedzialność została przeniesiona na spółkę melioracyjną miasta Wiesbaden. Oczyszczalnia ścieków została rozbudowana w 1984 r. i zamknięta w 2006 r. W latach 1970-2006 ścieki z Medenbach były oczyszczane w oczyszczalni ścieków wybudowanej poza miastem. Od 2006 r. ścieki z trzech przedmieść są kierowane do głównej oczyszczalni ścieków w celu oczyszczenia za pomocą przepompowni i kanałów.