Wiesbaden'deki atık su arıtımının büyük bir kısmı ana Salzbachtal atık su arıtma tesisinde gerçekleşmektedir. Burada her gün ortalama olarak Auringen, Bierstadt, Dotzheim (kısmen), Erbenheim, Heßloch, Igstadt, Klarenthal, Kloppenheim, Medenbach, Naurod, Rambach ve Sonnenberg ilçelerinden gelen 50 milyon litre atık su arıtılmaktadır. Bugün hala faaliyette olan ikinci kanalizasyon arıtma tesisi Biebrich'teki kanalizasyon arıtma tesisidir. Wiesbaden'in geri kalan atık suyu burada günde ortalama 18 milyon litre arıtılmaktadır. Biebrich, Dotzheim (kısmen), Frauenstein, Amöneburg, Kastel, Kostheim ve Schierstein'ın atık suları burada arıtılmaktadır. Atık suları Flörsheim atık su birliğine akan Breckenheim, Delkenheim ve Nordenstadt bir istisnadır. Wiesbaden'in çeşitli bölgelerinde ve Wiesbaden'in dahil olduğu yerlerde 20. yüzyılda inşa edilen tüm küçük atık su arıtma tesisleri 2001 veya 2006 yılında kapatılmıştır.

Atık su arıtmanın iki aşaması arasında bir ayrım yapılmaktadır: atık suyun kaba kirleticilerden arındırıldığı mekanik arıtma ve atık suda bulunan karbon bileşiklerinin, fosfatların ve amonyum azotunun büyük ölçüde bakteriler tarafından parçalandığı biyolojik arıtma.

Wiesbaden'in ana kanalizasyon arıtma tesisi, 1884 yılında Salzbachtal vadisinde - bugünkü şehir merkezine tekabül eden bir havza alanı için - zamanına göre yüksek arıtma kapasitesine sahip ilk kanalizasyon arıtma tesisi olarak inşa edilmiştir. Yaklaşık 2.500 metreküp atık suyun kireç sütü ve basınçlı hava ilavesiyle arıtılabildiği 30 metre uzunluğunda ve 10 metre genişliğinde üç çökeltme tankından oluşuyordu. Daha sonraki yıllarda, arıtma derecesi farklı ızgaraların kullanılmasıyla geliştirilmiştir. Harp, döner ve tel ızgaralar kaba kirleticileri de uzaklaştırdı. İkinci Dünya Savaşı' nın son yılında bu ızgara tesisi bombalarla tahrip edildi.

Sonraki yıllarda Wiesbaden şehir merkezinden gelen atık su tamamen arıtılmadan Salzbach'a ve buradan da Ren Nehri'ne aktı. 1950 yılında, aynı yerde çamur çürütmeli mekanik bir arıtma tesisinin inşasına başlandı ve bu tesis iki yıl sonra faaliyete geçti. 1952-62 yılları arasında tesis adım adım genişletildi ve geliştirildi. Bu atık su arıtma tesisinde 150.000 kişinin atık suyu arıtılabiliyordu. Ancak, kısa süre sonra çok küçük kaldı ve tamamen aşırı yüklendi. Bu nedenle 1970'lerde yeni bir tesis inşa edildi: Mekanik arıtma aşaması (1974), çamur susuzlaştırma aşaması (1975), çürütme kuleleri (1976) ve yeni biyolojik arıtma aşaması (1977) birbiri ardına işletmeye alındı. 22 yıl sonra, ana atık su arıtma tesisinin modernizasyonu bir kez daha gündeme geldi. Tesis toplamda sekiz yıllık bir süre zarfında (1995-2003) faaliyetlerine ara vermeden yeniden inşa edildi.

Wiesbaden birkaç yıldır Avrupa'nın en modern kanalizasyon arıtma tesislerinden birine sahip. Biebrich'teki kanalizasyon arıtma tesisi 1905 yılında "Rheinfeld" bölgesinde atık su arıtımı için bir eleme tesisi olarak inşa edilmiştir. Çeşitli elekler ve elekler atık sudan kaba kirleticileri uzaklaştırmıştır. Geriye kalan kirleticiler, Ren Nehri'nin yüksek kendi kendini temizleme kapasitesi nedeniyle onlarca yıl boyunca herhangi bir endişe duyulmadan nehre boşaltılabiliyordu. Bu durum İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra aniden değişti. 1963 yılında, 1970'lerde genişletilen eski tesisten çok uzak olmayan bir alanda mekanik-biyolojik bir atık su arıtma tesisinin inşasına başlandı. Biebrich kanalizasyon arıtma tesisi 1999 ve 2008 yılları arasında iki aşamada modernize edilmiştir. İlk olarak su yolu modernize edilmiştir. Tamamlanmasından bu yana (2001), tüm atık su arıtma süreci tek bir bina içinde gerçekleşmektedir. Bu sayede gürültü ve koku rahatsızlığı neredeyse tamamen ortadan kaldırılmıştır. Ağustos 2008'de yeni çamur yolu dört yıllık bir inşaat döneminin ardından faaliyete geçmiştir. Biebrich atık su arıtma tesisinin modernizasyonu tamamlandıktan sonra, 1957/58 ve 1968 yıllarında inşa edilen Kostheim ve Kastel'deki iki atık su arıtma tesisi hizmet dışı bırakıldı. O tarihten bu yana AKK'dan gelen atık su, pompa istasyonları ve kanalizasyonlar aracılığıyla arıtılmak üzere Biebrich'e aktarılmaktadır.

1976 yılında Naurod-Auringen atıksu birliği Auringen'de yeni inşa edilen atıksu arıtma tesisini faaliyete geçirmiştir. 1977 yılında, bölgesel reformun bir parçası olarak, sorumluluk Wiesbaden şehrinin drenaj şirketine devredildi. Kanalizasyon arıtma tesisi 1984 yılında genişletildi ve 2006 yılında hizmet dışı bırakıldı. 1970-2006 yılları arasında Medenbach'ın atık suları şehir dışında inşa edilen kanalizasyon arıtma tesisinde arıtılmıştır. 2006 yılından bu yana, üç banliyöden gelen atık su, pompa istasyonları ve kanallar aracılığıyla arıtılmak üzere ana kanalizasyon arıtma tesisine yönlendirilmektedir.