По-голямата част от пречистването на отпадъчните води във Висбаден се извършва в главната пречиствателна станция Salzbachtal. В нея всеки ден се пречистват средно по 50 милиона литра отпадъчни води от районите Ауринген, Биерщадт, Дотцхайм (частично), Ербенхайм, Хеслох, Игщадт, Кларентал, Клопенхайм, Меденбах, Наурод, Рамбах и Зоненберг. Втората пречиствателна станция за отпадъчни води, която работи и днес, е пречиствателната станция в Бибрих. Там се пречистват останалите отпадъчни води на Висбаден, средно по 18 милиона литра на ден. Тук се пречистват отпадъчните води от Бибрих, Дотцхайм (частично), Фрауенщайн, Аменебург, Кастел, Костхайм и Щирщайн. Изключение правят Брекенхайм, Делкенхайм и Норденщат, чиито отпадъчни води постъпват в асоциацията за отпадъчни води на Фльорсхайм. Всички по-малки пречиствателни станции за отпадъчни води, построени през 20-ти век в различни части на Висбаден и на места, присъединени към Висбаден, са затворени през 2001 г. или 2006 г.

Разграничават се два етапа на пречистване на отпадъчните води: механично пречистване, при което от отпадъчните води се отстраняват едрите замърсители, и биологично пречистване, при което въглеродните съединения, фосфатите и амониевият азот, съдържащи се в отпадъчните води, се разграждат до голяма степен от бактерии.

Основната пречиствателна станция на Висбаден е построена през 1884 г. в долината Залцбахтал - за водосборна област, съответстваща на тази на днешния център на града - като първата пречиствателна станция с висок за времето си капацитет на пречистване. Тя се е състояла от три утаителя с дължина 30 м и ширина 10 м, в които са могли да се пречистват около 2 500 куб. м отпадъчни води с помощта на варно мляко и добавяне на сгъстен въздух. В по-късните години степента на пречистване е подобрена чрез използването на различни сита. Арфови, ротационни и струнни сита също премахват грубите замърсители. През последната година на Втората световна война тази пресевна инсталация е разрушена от бомби.

През следващите години отпадъчните води от центъра на Висбаден се вливат напълно непречистени в река Залцбах, а чрез нея - в Рейн. През 1950 г. започва изграждането на механична пречиствателна станция с разграждане на утайките на същото място, която започва да функционира две години по-късно. В периода 1952-62 г. станцията е разширявана и подобрявана стъпка по стъпка. В тази пречиствателна станция могат да се пречистват отпадъчните води на 150 000 жители. Скоро обаче тя се оказва твърде малка и напълно претоварена. Затова през 70-те години на ХХ век е построена нова станция: В експлоатация последователно са пуснати етапът за механично третиране (1974 г.), етапът за обезводняване на утайките (1975 г.), кулите за разлагане (1976 г.) и новият етап за биологично третиране (1977 г.). 22 години по-късно модернизацията на основната пречиствателна станция за отпадъчни води отново е на дневен ред. Общо за осем години (1995-2003 г.) станцията е реконструирана, без да се прекъсва експлоатацията.

От няколко години Висбаден разполага с една от най-модерните пречиствателни станции за отпадъчни води в Европа. Пречиствателната станция в Бибрих е построена още през 1905 г. в квартал "Райнфелд" като пресевна станция за пречистване на отпадъчни води. Няколко сита и решетки са премахвали едрите замърсители от отпадъчните води. След това останалите замърсители можели да се изхвърлят в реката в продължение на много десетилетия без никакви опасения поради високата самопочистваща способност на Рейн. Това се променя рязко след Втората световна война. През 1963 г. започва изграждането на механично-биологична пречиствателна станция за отпадъчни води на място, разположено недалеч от старата станция, която е разширена през 70-те години на миналия век. Пречиствателната станция в Бибрих е модернизирана на два етапа в периода 1999-2008 г. На първо място е модернизиран водният път. След завършването ѝ (2001 г.) целият процес на пречистване на отпадъчните води се извършва в една сграда. Това на практика елиминира шума и миризмите. През август 2008 г., след четиригодишно строителство, е пуснат в експлоатация новият път за утайки. След приключване на модернизацията на пречиствателната станция в Бибрих двете пречиствателни станции в Костхайм и Кастел, построени през 1957/58 г. и 1968 г., са изведени от експлоатация. Оттогава отпадъчните води от AKK се отвеждат за пречистване в Бибрих чрез помпени станции и канализационни колектори.

През 1976 г. асоциацията за пречистване на отпадъчни води Наурод-Ауринген пуска в експлоатация новопостроената пречиствателна станция за отпадъчни води в Ауринген. През 1977 г., като част от регионалната реформа, отговорността е прехвърлена на дружеството за отводняване на град Висбаден. През 1984 г. пречиствателната станция е разширена, а през 2006 г. е изведена от експлоатация. В периода 1970-2006 г. отпадъчните води на Меденбах се пречистват в пречиствателна станция, построена извън града. От 2006 г. насам отпадъчните води от трите предградия се отвеждат за пречистване в главната пречиствателна станция чрез помпени станции и канали.