Les conditions naturelles qui déterminent l'état de la flore et de la végétation d'un paysage d'Europe centrale sont l'altitude, le climat et les sols. Dans le territoire de Wiesbaden, les altitudes vont de 83 m au-dessus du niveau de la mer sur les rives du Rhin près de Schierstein à 614 m au-dessus du niveau de la mer sur la Hohe Wurzel dans le Haut-Taunus. Les zones climatiques s'étendent d'un climat viticole doux en hiver, à tendance subméditerranéenne, à un climat frais et humide sur les hauteurs du Taunus. Du point de vue de l'espace naturel, les différentes parties de la zone urbaine s'étendent de la plaine Rhin-Main et de la plaine alluviale du Rhin d'Ingelheim jusqu'au Haut-Taunus, en passant par les contreforts du Maintaunus et le Rheingau ainsi que le Vortaunus. Les sols vont des sols bruts riches en nutriments et des sols d'altération des calcaires tertiaires dans la plaine et sur les bas versants aux sols extrêmement pauvres en nutriments sur le quartzite du Taunus et les schistes argileux dans les hauteurs.

Ces différentes conditions ont pour conséquence des formes de végétation très variées et une flore très riche. La végétation naturelle potentielle va des forêts alluviales le long des rivières aux forêts de chênes et de charmes dans les régions calcaires et sur les pentes inférieures du Taunus, en passant par les hêtraies des hautes altitudes. Les terres cultivées, créées par les défrichements dès la préhistoire, étaient liées à un enrichissement considérable de la flore, car des plantes accompagnatrices de la culture des céréales et de la viticulture ont immigré. Aujourd'hui encore, les voies de communication et les berges des rivières sont des zones le long desquelles s'effectue l'immigration d'espèces végétales. Il ne reste toutefois que de minuscules vestiges de végétation naturelle et semi-naturelle.

L'implantation d'habitations et d'industries, la construction et l'extension des voies de communication, l'exploitation des ressources minières et surtout l'intensification de l'agriculture ont modifié de manière flagrante l'éventail des espèces de la flore de Wiesbaden. Cela vaut surtout pour les régions situées au sud et à l'est de la zone urbaine plus densément peuplée. Au cours du 19e siècle, l'aménagement du Rhin et du Main en voies navigables a entraîné la destruction à grande échelle des forêts alluviales et des prairies de la vallée fluviale. Sur les pentes inférieures du Taunus, les forêts de chênes et de charmes ont été remplacées par des plantations de hêtres et la création de forêts d'épicéas. La modification des arbres s'est accompagnée d'un changement fondamental de la flore du sol des forêts, qui a de nouveau largement disparu aujourd'hui en raison de l'extension des constructions urbaines sur les versants du Taunus. L'exploitation du calcaire dans la région de Biebrich, Amöneburg et Erbenheim a fait disparaître complètement les gisements de calcaire proches de la surface et, avec eux, les espèces végétales spécialisées.

Les collections du département d'histoire naturelle du musée régional, avec les herbiers qui y sont conservés, documentent l'état de la flore vers le milieu du 19e siècle ainsi qu'au tournant du 19e et du 20e siècle. La liste des espèces considérées comme menacées et des plantes éteintes est longue. Les forêts présentent des différences considérables entre les zones alluviales du Main et du Rhin et celles de la crête du Taunus. Parmi les forêts alluviales, on trouve encore ici et là, dans la zone riveraine proche, des vestiges de la forêt alluviale à bois tendre, dans laquelle on trouve de nombreuses espèces de saules et le peuplier noir, devenu rare. Ce type de forêt est souvent inondé plusieurs fois par an. Il est encore le mieux conservé dans la réserve naturelle (NSG) "Wallufer Bucht". Sur la Rettbergsaue, qui est également une réserve naturelle, on essaie de reconstituer une forêt alluviale de bois dur par des mesures d'entretien. Ce type de forêt n'est inondé que lors des pics de crue. La flore du sol des deux types de forêts est très menacée, car les fortes infiltrations de composés azotés ont fait que la flore du sol est dominée par les orties et l'impatiente glanduleuse, qui a immigré de l'Himalaya au 20e siècle et qui se propage fortement. Autrefois, l'ail des ours était présent sur de grandes surfaces dans les forêts alluviales de bois dur, mais sa propagation a fortement diminué pour les raisons mentionnées.

Dans les forêts de pente, à l'origine des forêts de feuillus purs, on trouve également depuis le 18ème siècle des pins sylvestres et des mélèzes européens, auxquels s'est ajouté l'épicéa (Picea abies) au 19ème siècle. La forêt proche de la ville est principalement constituée de la hêtraie à aspérule (Galio odorati-Fagenion), dans laquelle on trouve encore des restes des peuplements autrefois plus riches de chênes sessiles et de charmes. Elle se caractérise par la présence de l'aspérule, de la fétuque des bois, du nid d'abeille, de la dent-de-lion, de l'orpin à une fleur, de l'ortie des montagnes (Lamiastrum montanum), de la flatulence, de l'herbe aux sorcières (Circaea lutetiana) et de quelques espèces de fougères. C'est dans cette zone forestière de Wiesbaden que se trouve le centre de répartition de la Luzule de Forster (Luzula forsteri) dans toute la Hesse et l'Allemagne, pour la protection et la conservation de laquelle la ville a un rôle important à jouer. Au-dessus de 400 m d'altitude, le quartzite du Taunus affleure à la surface et forme des sols pauvres en nutriments, généralement peu profonds, sur lesquels se développe la hêtraie à charmes (Luzula-Fagenion). Ce type de forêt est beaucoup plus pauvre en espèces végétales. Elle se caractérise par la présence de la charmille blanche, de la canche flexueuse, de la molinie et du pâturin des bois.

Les parties ouvertes du paysage sont presque entièrement les conséquences de la colonisation humaine, ce n'est que là où il y a des rochers, comme à Frauenstein et Sonnenberg, qu'il faut s'attendre à trouver des sites naturels sans forêt et des espèces végétales particulières. Les zones riveraines des rivières non encore régulées étaient également, du moins en partie, dépourvues de végétation arborée. Les terres cultivées ouvertes ne portent pas de végétation naturelle. Les terres agricoles, y compris les prairies forestières, ont été créées par l'activité humaine. Les zones alluviales ouvertes des ruisseaux n'existent plus que dans les vallées de prairies forestières du Rabengrund, de la Goldsteintal et de la haute vallée de la Thielle. Là où coulent des ruisseaux plus larges, ils sont accompagnés d'une lisière de saules et d'aulnes noirs ; les petits cours d'eau sont bordés d'épilobe à feuilles d'ophioglosse et d'épilobe sanguin. Au bord de ces cours d'eau, on trouve souvent de l'orpin et de la véronique des ruisseaux.

Dans l'ensemble, la flore des vallées de prairies forestières est particulièrement riche. Le Rabengrund et la Goldsteintal en sont des exemples typiques et jouent un rôle important dans la conservation de la flore locale. Leur richesse en espèces rares, y compris en orchidées, nécessite une protection stricte et des mesures d'entretien coûteuses. Elles conservent le type de paysage des prairies de fauche car, en raison de leur importance pour la préservation de la qualité de l'eau potable, elles n'ont pas été fertilisées pendant des décennies, ni utilisées d'herbicides, et l'ensemencement de graminées fourragères à forte croissance n'a pas eu lieu. Les anciennes plantes compagnes des céréales et des plantes sarclées, que l'on trouvait du néolithique jusqu'au milieu du 20e siècle, ont largement disparu du paysage agricole moderne. Aujourd'hui, le bleuet et les espèces de coquelicots ainsi que le cornouiller ont soit complètement disparu des champs, soit se sont déplacés vers les bords des chemins. La disparition des espèces plus rares et parfois discrètes s'est souvent produite plus tôt et de manière plus discrète. Il en va de même pour les prairies fourragères, qui sont rendues aussi productives que possible par la fertilisation. Les types de prairies qui étaient autrefois distingués et caractérisés par les espèces de graminées qui y dominaient ont disparu du paysage agricole. Les vignobles et les prés-vergers qui existent encore dans les quartiers de la périphérie ouest de Wiesbaden (Frauenstein, Dotzheim, Schierstein et Kostheim) ont également perdu des espèces autrefois typiques en raison de l'exploitation mécanique.

Bien sûr, de nouvelles espèces continuent d'arriver, mais le nombre d'espèces qui disparaissent l'emporte considérablement sur celui des nouveaux arrivants. Les nouveaux venus dans la flore sont souvent écologiquement inoffensifs et colonisent des niches écologiques libres. Mais les nouvelles espèces peuvent aussi évincer les espèces indigènes, par exemple la bidentaire à fruits noirs, originaire d'Amérique du Nord, remplace de plus en plus la bidentaire à trois parties indigène sur les rives des rivières depuis 1945 environ. L'angélique des armoises (Angelica archangelica) a envahi les rives du Main et du Rhin après 1930. De même, le séneçon à feuilles étroites d'Afrique du Sud (Senecio inaequidens) se propage à une vitesse fulgurante le long des routes et des voies ferrées.