Daha sonraki Almanya'da eczacılık mesleğinin doğuşu, 1241 yılında İmparator Frederick II'nin doktor ve eczacı mesleklerinin ayrılmasını yasal olarak öngören bir tıbbi yönetmelik yayınlamasıyla gerçekleşmiştir. Ancak bu tarihte Wiesbaden'de muhtemelen eczane yoktu. Wiesbaden vatandaşlarına ilaç tedarikinin başlangıcı gizemle örtülüdür. Çoğu toplulukta olduğu gibi uzun bir süre boyunca, muhtemelen şifa ve şifalı bitkiler hakkında bilgi sahibi olan kadınlar tarafından sağlanmıştır.

Otuz Yıl Savaşları Wiesbaden'de ciddi bir yıkım yaratmıştır: 1646 yılında, yıkılan şehrin duvarları arasında sadece 51 vatandaşın yaşadığı söylenmektedir. Kısa bir süre sonra, Aralık 1650'de Kont Johann, Otto Wilhelm Dorsch'a, 1654'ten beri aynı adı taşıyan "Zum Einhorn" hanında bulunan bir eczane kurma izni verdi. Ancak bu eczane sadece on yıldan az bir süre faaliyet göstermiştir, dolayısıyla Wiesbaden'deki ilk kalıcı eczane olarak başka bir eczane kabul edilmelidir: Daha sonraki "Hofapotheke" 1672 yılında Frankfurt vatandaşı Johann Graßer tarafından kurulmuştur. 1808 yılında Johann Eberlein'dan satın alan Johann August Lade'nin mülkiyetine geçmiştir. Ocak 1811'de Lade, kendisinden önceki Eberlein gibi "Mahkeme Eczacısı" unvanını aldı.

Eczacılık adayı Dr. Karl Philipp Otto'ya Wiesbaden'de ikinci bir eczane olan "Zum goldenen Löwen "i kurma ruhsatı ancak 1813 yılında verildi. Eczane, Adler'in karşısındaki eski "Zum goldenen Wolf" hanında kurulmuştur. Otto aynı zamanda bir araştırmacı ve filozoftu. Goethe'nin kaplıcada kaldığı süre boyunca onun eserlerini ilgiyle okuduğu söylenir. Ancak Otto belli ki işine çok az zaman ayırıyordu, çünkü yüksek borçları nedeniyle 1814 yılında Wiesbaden'den kaçmak zorunda kaldı. Eczanesi açık artırmaya çıkarıldı ve Frankfurt boyahanesine gitti. Caspar Adam Müller burayı kiraladı ve daha sonra 24.500 guldene satın alarak 1 Mayıs 1815'te "Löwen-Apotheke" olarak yeniden açtı.

Nassau Dükalığı'nın 1818 tarihli tıbbi yönetmeliği eczacıların koşullarını kesin bir şekilde düzenliyordu: devlet memuru olarak kabul ediliyorlardı, ancak maaşlarını ilk kez belirlenen (ve tekrar tekrar yeniden düzenlenen) ücret tarifesine uygun olarak yalnızca işletmelerinin gelirinden almak zorundaydılar. Aslında dükalığın her tıbbi bölgesinde sadece bir eczane olması gerekiyordu. Wiesbaden'de zaten iki eczane bulunduğundan, daha sonra adı "Schützenapotheke" olarak değiştirilen "Hofapotheke", "Wiesbaden-Stadt" tıbbi bölgesinin resmi eczanesi haline getirilirken, "Löwen-Apotheke" de "Wiesbaden-Land" tıbbi bölgesinin resmi eczanesi haline getirildi.

Hızla artan nüfus ve Wiesbaden'in sürekli artan kaplıca trafiği, daha fazla eczane kurulmasını gerekli kıldı. Ancak bunların resmi bir niteliği yoktu, sadece ruhsatla faaliyet gösteriyorlardı. Bunlar başlangıçta 1837'den itibaren "Hirschapotheke" idi ve sahibi Herber 1839'dan itibaren Marktstraße'deki Kalbsche Haus am Markt'ı işyeri olarak kiraladı. 1841'den itibaren dördüncü bir eczanenin kurulması için de görüşmeler yapıldı, ancak bu görüşmeler 1863'e kadar, başvuru sahibi Adolph Seyberth'in hastaneye 10.000 gulden bağış yapmasının ardından sonuçlandırılamadı. Artık Kirchgasse'de "Adlerapotheke" eczanesini kurmasına izin verilmişti. Yeni eczanelerin açılmasının bu kadar sıkı bir şekilde düzenlenmesinin nedeni mali idi: Eczacıların büyük bir servet kazanması açıkça hükümetin çıkarına idi, çünkü o zaman her zaman yeterli miktarda malzemeye, yani ilaç üretimi için hammaddeye ve yetenekli yardımcılara sahip olacakları varsayılıyordu. Sadece iyi bir mali konumda olmalarını sağlamak için değil, aynı zamanda profesyonelleşmelerini teşvik etmek için, 1844'ten itibaren zehirler ve güçlü etkili maddeler sadece eczacılar tarafından satılabilecek, ancak artık malzeme tüccarları veya kimyagerler tarafından satılamayacaktı.

Nassau'nun 1866'da Prusya tarafından ilhak edilmesi Wiesbaden için yine bazı yenilikler getirdi: eczanelerin ayrıcalıkları devam etti, ancak sahipleri artık devlet tarafından istihdam edilmiyordu.

Mart 1867'de Wiesbaden'de standartlaştırılmış Prusya tıbbi ağırlığı kullanılmaya başlandı ve eczacılar yeni ağırlıkların önemli maliyetlerini kendileri karşılamak zorunda kaldı. 1868'den itibaren Wiesbaden'de de "Altländische Visitationsverfahren" ("eski usul ziyaret prosedürü") uygulanmaya başlandı; bu da eczanelerin her üç yılda bir bir komisyon tarafından yakından denetlenmesi gerektiği anlamına geliyordu. Nassau Dükalığı'nda bu tür ziyaretler düzenli olarak yapılmıyor, sadece şikayetler üzerine gerçekleştiriliyordu. Wiesbaden'in hızla artan nüfusuyla birlikte yeni eczaneler de kuruldu: Bunlar 1870 yılında Taunusapotheke, 1878 yılında Viktoria-Apotheke ve 1888 yılında tanınmış askeri eczacı Wilhelm Lenz'in işletme ruhsatı için başvurduğu Wilhelms-Apotheke idi. 1893'te Emserstrasse ve Wellritzstrasse'de açılan Theresienapotheke ve 1894'te açılan Oranienapotheke, şehrin yeni gelişim bölgelerinde halka ilaç sağlamanın önemini kanıtlamaktadır. 1900'den sonra yeni eczaneler neredeyse yalnızca şehrin dış mahallelerinde ya da birleşik kasabalarda kuruldu.

Artan sanayileşmeyle birlikte eczacıların sorumluluk alanı da değişti: Kendilerinin hazırlaması gereken daha az şey vardı, ancak kalite ve kimlik testlerinin yanı sıra elden satış da giderek önem kazandı. Farmasötik ürünlerin endüstriyel olarak üretilmesi, birçok kişi için bu ürünleri alabilecekleri kadar ucuz hale getirdi. Wiesbaden eczacılarının müşteri kitlesi de büyüdü.

Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra Wiesbaden önce Fransız işgali, 1925'ten itibaren de İngiliz işgali altında kaldı. 1920 yılı civarında şehirde on eczane vardı ve bunlardan ikisi artık kendilerini açıkça "Pharmacie internationale" ve "Pharmacie anglo-francaise" olarak adlandırıyordu. İşgal güçleri 1930'da geri çekildiğinde, yıllardır durgun olan tedaviyi mümkün olan en kısa sürede yeniden canlandırmak için girişimlerde bulunuldu. Wiesbadenli zengin eczacı Adam Herbert ve Amerika'ya göç etmiş olan Hugo Reisinger, ana tren istasyonunun karşısındaki Reisinger ve Herbert kompleksini bağışladılar ve bu kompleks bugün hala şehrin kartvizitlerinden biridir.

İlerleyen yıllarda eczane sayısı da görülmemiş bir hızla arttı: 1938 tarihli Wiesbaden adres defterine bakıldığında artık 22 eczane olduğu görülüyordu, ancak bunların hiçbirinin üzerinde "uluslararası" ibaresi yoktu. Bunun yerine idrar tahlilleri ve homeopatik ilaçların reklamını yapıyorlardı.

İkinci Dünya Savaşı'ndan sonraki dönemde Wiesbaden eczaneleri sadece ilaçları da etkileyen yetersiz tedarik durumuyla mücadele etmek zorunda kalmadı. Adler Eczanesi gibi bazı kuruluşlar bombalardan o kadar zarar gördü ki, sahibi olan Seyberth ailesi Kirchgasse ve Friedrichstraße'nin köşesinde yeni bir binaya taşınmak zorunda kaldı. Mück ailesi gibi bazı eczane sahipleri, Luisenstraße'deki işyerleri "yasak bölge" olduğu için işgal güçlerinin emriyle eczanelerini boşaltmak zorunda kaldı. Wilhelms Eczanesi Wilhelmstraße'ye taşınmak zorunda kaldı. Ancak 1951 yılında Wiesbaden'de 37 olan eczane sayısı giderek arttı ve kaplıca kentinin kozmopolit havası geri döndü: Löwen-Apotheke bir kez daha "Pharmacie internationale" olarak adlandırıldı.

1958'den bu yana Almanya'da iş kurma özgürlüğü geçerli, yani herhangi bir eczacı talepten bağımsız olarak herhangi bir yerde dükkan açabilir. Bu yeni düzenlemenin Wiesbaden için de ciddi sonuçları oldu: Wiesbaden'in nüfusu arttıkça ve yeni yerleşim alanları geliştikçe, kaplıca kentindeki eczane sayısı da arttı: 1969'da 61, 1976'da 75 ve 1989'da 85 dükkan vardı. Sadece 2005 ve 2008 yılları arasında Wiesbaden'de yedi yeni eczane açılmıştır.

Bugün (2013 itibariyle) Wiesbaden'deki yaklaşık 125 eczane, öncelikle bilgi ve danışmanlık için bir merkezdir. Doğru yeri seçmek, tıpkı 17. yüzyıldaki ilk günlerde olduğu gibi çok önemlidir. O zamanlar eczaneler çoğunlukla ana caddelerde yer alırken, bugün birçok eczane, mümkün olduğunca çok sayıda hastanın reçetelerini burada doldurabilmesi için bir tıp merkezinin yakınında bir yer seçmiştir. 1 Ocak 2004'ten bu yana eczacıların "şube eczanesi" olarak adlandırılan en fazla üç ek eczane işletmesine izin verilmektedir.