El nacimiento de la profesión de farmacéutico en la Alemania posterior se produjo en 1241, cuando el emperador Federico II promulgó una ordenanza médica que prescribía legalmente la separación de las profesiones de médico y farmacéutico. Sin embargo, es probable que en esa época no existiera ninguna farmacia en Wiesbaden. Los inicios del suministro de medicamentos a los ciudadanos de Wiesbaden están rodeados de misterio. Durante mucho tiempo, como en la mayoría de las comunidades, probablemente se encargaron de ello sobre todo mujeres que conocían la curación y las hierbas.

La Guerra de los Treinta Años dejó graves estragos en Wiesbaden: se dice que en 1646 sólo vivían 51 ciudadanos dentro de los muros de la ciudad destruida. Poco tiempo después, en diciembre de 1650, el conde Johann concedió a Otto Wilhelm Dorsch permiso para instalar una farmacia, que desde 1654 se encontraba en la posada "Zum Einhorn", cuyo nombre también llevaba. Sin embargo, sólo existió durante algo menos de diez años, por lo que otra farmacia debe considerarse la primera farmacia permanente de Wiesbaden: La posterior "Hofapotheke" fue fundada en 1672 por Johann Graßer, ciudadano de Fráncfort. En 1808 pasó a ser propiedad de Johann August Lade, que la compró a Johann Eberlein. En enero de 1811, Lade, al igual que Eberlein antes que él, recibió el título de "Farmacéutico de la Corte".

Hubo que esperar hasta 1813 para que el candidato a farmacéutico, el Dr. Karl Philipp Otto, obtuviera la licencia para establecer una segunda farmacia en Wiesbaden, "Zum goldenen Löwen". Se instaló en la antigua posada "Zum goldenen Wolf", frente al Adler. Otto era también investigador y filósofo. Se dice que Goethe leyó sus obras con interés durante una estancia en el balneario. Sin embargo, es evidente que Otto dedicaba muy poco tiempo a su negocio, ya que en 1814 tuvo que huir de Wiesbaden debido a sus elevadas deudas. Su farmacia salió a subasta y fue a parar al taller de pintura de Fráncfort. Caspar Adam Müller se la alquiló a esta última y más tarde la compró por 24.500 florines, reabriéndola como "Löwen-Apotheke" el 1 de mayo de 1815.

El reglamento médico del Ducado de Nassau de 1818 regulaba con precisión las condiciones de los farmacéuticos: se les consideraba funcionarios, pero debían percibir su salario exclusivamente de los ingresos de su negocio de acuerdo con el baremo de honorarios, que ahora se determinaba por primera vez (y se volvía a regular repetidamente). En realidad, sólo debía haber una farmacia en cada distrito médico del ducado. Como en Wiesbaden ya había dos, la "Hofapotheke", que más tarde pasó a llamarse "Schützenapotheke", se convirtió sin contemplaciones en la farmacia oficial del distrito médico "Wiesbaden-Stadt", mientras que la "Löwen-Apotheke" se convirtió en la farmacia oficial del distrito médico "Wiesbaden-Land".

El rápido crecimiento de la población y el creciente tráfico balneario de Wiesbaden hicieron necesario establecer más farmacias. Sin embargo, éstas no tenían carácter oficial, sino que sólo existían por licencia. Inicialmente se trataba de la "Hirschapotheke" de 1837, cuyo propietario Herber alquiló la Kalbsche Haus am Markt en la Marktstraße para su local comercial a partir de 1839. A partir de 1841 también se llevaron a cabo negociaciones para el establecimiento de una cuarta farmacia, pero éstas no se concretaron hasta 1863, después de que el solicitante Adolph Seyberth hiciera una donación de 10.000 florines al hospital. A partir de ese momento se le permitió instalar la farmacia "Adlerapotheke" en Kirchgasse. La razón por la que la apertura de nuevas farmacias estaba tan estrictamente regulada era económica: al gobierno le interesaba explícitamente que los farmacéuticos hicieran una gran fortuna, ya que se suponía que entonces siempre tendrían un suministro suficiente de materiales, es decir, materias primas para la producción de medicamentos, y ayudantes capaces. Para garantizarles no sólo una buena posición financiera, sino también para fomentar su profesionalización, a partir de 1844 los venenos y las sustancias de acción fuerte sólo podían ser vendidos por farmacéuticos, pero ya no por comerciantes de materiales o químicos.

La anexión de Nassau por Prusia en 1866 trajo de nuevo algunas novedades para Wiesbaden: los privilegios de las farmacias siguieron existiendo, pero sus propietarios ya no eran empleados del Estado.

En marzo de 1867 se introdujo en Wiesbaden el peso médico prusiano normalizado, y los farmacéuticos tuvieron que correr ellos mismos con los considerables costes de los nuevos pesos. A partir de 1868 también se aplicó en Wiesbaden el "Altländische Visitationsverfahren" ("procedimiento de visita a la antigua usanza"), por el que las farmacias debían ser inspeccionadas minuciosamente por una comisión cada tres años. En el Ducado de Nassau, estas visitas no se realizaban con regularidad, sino sólo a raíz de denuncias. Con el rápido crecimiento de la población de Wiesbaden, se fundaron nuevas farmacias: Se trata de la Taunusapotheke en 1870, la Viktoria-Apotheke en 1878 y la Wilhelms-Apotheke en 1888, para la que el conocido farmacéutico militar Wilhelm Lenz había solicitado una licencia de funcionamiento. La Theresienapotheke, abierta en 1893 en las calles Emserstrasse y Wellritzstrasse, y la Oranienapotheke, inaugurada en 1894, atestiguan la importancia de abastecer de medicamentos a la población en las nuevas zonas de desarrollo de la ciudad. Después de 1900, las nuevas farmacias se establecieron casi exclusivamente en las afueras de la ciudad o en las ciudades incorporadas.

Con la creciente industrialización, el ámbito de responsabilidad de los farmacéuticos también cambió: tenían menos que preparar ellos mismos, pero los controles de calidad e identidad, así como la venta manual, adquirieron cada vez más importancia. Fue la producción industrial de productos farmacéuticos lo que los hizo tan baratos para muchos que ahora podían permitírselos. La clientela también creció para los farmacéuticos de Wiesbaden.

Tras la Primera Guerra Mundial, Wiesbaden estuvo inicialmente bajo ocupación francesa y a partir de 1925 bajo ocupación británica. Alrededor de 1920 había diez farmacias en la ciudad, dos de las cuales se denominaban explícitamente "Pharmacie internationale" y "Pharmacie anglo-francaise". Cuando las fuerzas de ocupación se retiraron en 1930, se intentó revitalizar lo antes posible la cura, estancada durante años. El acaudalado farmacéutico de Wiesbaden Adam Herbert y Hugo Reisinger, que había emigrado a América, donaron el complejo Reisinger y Herbert, situado frente a la estación central de ferrocarril, que aún hoy es una de las tarjetas de visita de la ciudad.

En los años siguientes, el número de farmacias también aumentó a un ritmo sin precedentes: un vistazo a la libreta de direcciones de Wiesbaden de 1938 revela que ya había 22 tiendas farmacéuticas, ninguna de las cuales llevaba la etiqueta "internacional". En su lugar, anunciaban análisis de orina y remedios homeopáticos.

En el periodo posterior a la Segunda Guerra Mundial, las farmacias de Wiesbaden no sólo tuvieron que hacer frente a la mala situación del abastecimiento, que también afectó a los medicamentos. Algunos establecimientos, como la farmacia Adler, resultaron tan dañados por las bombas que la familia Seyberth, propietaria de la misma, tuvo que trasladarse a un nuevo edificio en la esquina de Kirchgasse y Friedrichstraße. Algunos propietarios, como la familia Mück, tuvieron que desalojar su farmacia por orden de las fuerzas de ocupación, ya que los locales comerciales de la Luisenstraße estaban "prohibidos". La farmacia Wilhelms tuvo que ser trasladada a la Wilhelmstraße. Sin embargo, el número de farmacias no dejó de aumentar, llegando a 37 en Wiesbaden en 1951, y volvió el aire cosmopolita de la ciudad balneario: la Löwen-Apotheke volvió a llamarse "Pharmacie internationale".

Desde 1958 rige en Alemania la libertad de establecimiento, lo que significa que cualquier farmacéutico puede abrir una tienda en cualquier lugar, independientemente de la demanda. Esta nueva normativa también tuvo graves consecuencias para Wiesbaden: A medida que crecía la población de Wiesbaden y se urbanizaban nuevas zonas residenciales, también aumentaba el número de farmacias en la ciudad balneario: en 1969 había 61, en 1976, 75, y en 1989, hasta 85 tiendas. Sólo entre 2005 y 2008 se abrieron siete nuevas farmacias en Wiesbaden.

Hoy (en 2013), las aproximadamente 125 farmacias de Wiesbaden son sobre todo un centro de información y asesoramiento. Elegir la ubicación adecuada es crucial, como lo fue en los primeros tiempos, en el siglo XVII. Mientras que entonces se situaban principalmente en las calles principales, hoy en día muchas farmacias han elegido una ubicación cercana a un centro médico para que el mayor número posible de pacientes pueda surtir allí sus recetas. Desde el 1 de enero de 2004, los farmacéuticos pueden tener hasta tres "farmacias sucursales" más.