Uniwersytet jest prywatnie sponsorowany przez Hochschule Fresenius gemeinnützige GmbH i kontynuuje tradycję edukacyjną rodziny Fresenius. Jej nazwa pochodzi od imienia żony Carla Remigiusa Freseniusa, założyciela Laboratorium Chemicznego, na którym opiera się Hochschule Fresenius. Jest to pierwszy i jedyny uniwersytet w Niemczech noszący imię kobiety.