Το πανεπιστήμιο χρηματοδοτείται ιδιωτικά από την Hochschule Fresenius gemeinnützige GmbH και συνεχίζει την εκπαιδευτική παράδοση της οικογένειας Fresenius. Πήρε το όνομά του από τη σύζυγο του Carl Remigius Fresenius, ιδρυτή του Χημικού Εργαστηρίου, στο οποίο βασίζεται το Hochschule Fresenius. Είναι το πρώτο και μοναδικό πανεπιστήμιο στη Γερμανία που φέρει το όνομα μιας γυναίκας.