La universidad está patrocinada de forma privada por Hochschule Fresenius gemeinnützige GmbH y continúa la tradición educativa de la familia Fresenius. Lleva el nombre de la esposa de Carl Remigius Fresenius, fundador del Laboratorio Químico, en el que se basa la Hochschule Fresenius. Es la primera y única universidad de Alemania que lleva el nombre de una mujer.