Christian est né le 8 avril 1818 à Gottrup, au Danemark. Après la mort du roi danois Frédéric VII le 15 novembre 1863, il lui a succédé. Son titre officiel était : roi du Danemark, des Wendes et des Goths, duc de Schleswig, Holstein, Stormarn, Dithmarschen, Lauenburg et Oldenburg. Avec son épouse Louise de Hesse-Cassel, il fonda la lignée des Glücksburg, qui fournit encore aujourd'hui les héritiers du trône danois. Le roi Christian IX est mort le 29 janvier 1906 au château d'Amalienborg à Copenhague.

Lors d'une visite commune, il a signé le livre d'or de la ville de Wiesbaden avec le roi Oscar II de Suède et de Norvège le 14 mai 1902.