Christian urodził się 8 kwietnia 1818 r. w Gottrup w Danii. Po śmierci duńskiego króla Fryderyka VII w dniu 15 listopada 1863 r. został jego następcą. Jego oficjalny tytuł brzmiał: król Danii, Wendów i Gotów, książę Szlezwiku, Holsztynu, Stormarn, Dithmarschen, Lauenburga i Oldenburga. Wraz ze swoją żoną Ludwiką Heską-Kassel założył linię Glücksburgów, która do dziś zapewnia duńskich następców tronu. Król Chrystian IX zmarł 29 stycznia 1906 r. w pałacu Amalienborg w Kopenhadze.

Podczas wspólnej wizyty z królem Szwecji i Norwegii Oscarem II, 14 maja 1902 r. podpisał Złotą Księgę Miasta Wiesbaden.