Christian nacque l'8 aprile 1818 a Gottrup, in Danimarca. Dopo la morte del re danese Federico VII, avvenuta il 15 novembre 1863, gli succedette. Il suo titolo ufficiale era: Re di Danimarca, dei Wend e dei Goti, Duca di Schleswig, Holstein, Stormarn, Dithmarschen, Lauenburg e Oldenburg. Insieme alla moglie Luisa d'Assia-Kassel, fondò la linea di Glücksburg, che ancora oggi fornisce gli eredi danesi al trono. Re Cristiano IX morì il 29 gennaio 1906 al Palazzo Amalienborg di Copenaghen.

Durante una visita congiunta con il re Oscar II di Svezia e Norvegia, il 14 maggio 1902 firmò il Libro d'oro della città di Wiesbaden.